工厂化育苗是以不同规格的专用穴盘做容器，用草炭、蛭石等轻质无土材料作基质，通过精细管理达到培育壮苗的效果。该技术可以缩短番茄种植周期，提早成熟，提高资源利用率和生产效益。
1.穴盘选择。一般选用72孔或50孔塑料穴盘。
2.基质准备。根据番茄定植需苗量，准备塑料穴盘数量。按每1000盘72孔穴盘用基质4～5立方米配制混合基质。基质按草炭∶蛭石=2∶1或草炭∶蛭石∶废菇料=1∶1∶1(全部为体积比)配制，覆盖料用蛭石。
3.施肥方法。每立方米混合基质加入三元复合肥2.5千克，或1.2千克尿素和1.2千克磷酸二氢钾，肥料与基质混拌均匀后备用。苗期三叶一心后，可结合喷水进行1～2次叶面喷肥。
4.种子处理。用50℃～55℃温水浸种20分钟，然后换20℃～30℃水浸种4～5小时，再催芽播种。
5.播种深度。播深1厘米左右为宜。
6.水分管理。播种后，将育苗基质喷透水，穴盘排水孔有水珠溢出为止。苗期子叶展开至二叶一心，基质水分含量保持在最大持水量的65%～70%；三叶一心至成苗，基质水分含量保持在最大持水量的60%～65%。
7.温度管理。催芽期间，棚内温度保持25℃～27℃，预计3～4天出苗。当苗盘中60%种子出苗，即可将苗盘摆放进育苗温室。日温25℃，夜温16～18℃为宜。夏季高温季节以降温为主，尤其防夜间高温，如夜间温度过高，可采取控制水分的方法，防止徒长。
8.病虫害防治。番茄苗期主要病害是猝倒病、立枯病、早疫病、病毒病，虫害主要有蚜虫、白粉虱，应及时喷药防治。
9.补苗和分苗。采用穴盘育苗时，应在第一片真叶展开时，观察幼苗出苗情况，发现缺苗时抓紧将缺苗孔补齐。用72孔穴盘育番茄苗，也可以先播在128孔或288孔苗盘内，当小苗长至一片真叶时，移至72孔苗盘内，这样可有效利用温室面积，减少能耗。
10.成苗标准。株高15～18厘米，茎粗4.5毫米，6～7片真叶，苗龄50～60天。
