近年来，菌核病上升为影响南方油菜产量的主要因素之一，轻者减产10%~20%，重的减产在50%以上。长江中下游油菜产区，多数年份进入4~5月，可能会出现持续阴雨天气，为了避免或者减轻菌核病的为害，必须及早采取预防措施。
从农业防治来讲，除选用抗病、耐病品种外，要应用综合措施预防，一是对旱地种植油菜的大田每年都要进行轮作或者实行水旱轮作；二是配方施用肥料，切忌过多施用氮肥，同时配施持力硼0.8斤；三是合理安排密度，并要在油菜叶龄有3~4片时，喷施15%多效唑可湿性粉剂，每亩50克兑水100斤，控制油菜壮中求稳，防止旺长；四是改善大田水系设施，防止渍涝，促进油菜根发；五是发病初期要及时摘除植株基部的感病老叶，以防扩散为害。
从化学防治来讲，最好在初花期着手预防，重点是针对长势旺盛、荫蔽大的油菜植株基部及土壤表层喷施农药。一可用碧护8000~10000倍液预防，增强抗病能力；二可用1∶1∶100的波尔多液；三可用25%戊唑醇可湿性粉剂60~70克或40%菌核净75~100克兑水100斤；四可用40%灰菌宁100克兑水100斤喷施；五可用72%硫酸链霉素可湿性粉剂2000倍液喷施；六可用50%福美双可湿性粉剂800倍液喷施。
