目前生产上还没有高抗纹枯病的小麦品种，及时用药是防治该病的主要措施。早春发病初期是用药防治该病的关键时期，到后期出现明显危害症状时再用药防治效果不理想。该病发生较隐蔽，初始病斑在植株下部，应注意观察。早春一般在病株率达5%左右时开始第一次防治，以后（隔7～10天）根据病情决定是否需要再次用药。
防治小麦纹枯病，适用药有井冈霉素、噻呋酰胺、丙环唑、己唑醇、戊唑醇、烯唑醇、氟环唑等单剂及其混配剂。其中，井冈霉素已使用多年，目前仍没有明显的抗药性表现，但有部分农户反映防效不佳，可能是该药持效期较短（在7天以内），用于防治小麦纹枯病需多次施药；戊唑醇、己唑醇等唑类杀菌剂持效期较长，在15天以上，但对小麦生长有不同程度的抑制作用，使用不当容易对小麦生长造成过度抑制，应注意用药量不能过大，不能频繁用药；噻呋酰胺属苯酰胺类杀菌剂，对小麦纹枯病持效期长达30天以上。
在早晨麦株上有露水时或傍晚，对准麦苗基部施药。用足水量，每亩用水量不少于50公斤。纹枯病严重的田块，分蘖拔节期要采取“大剂量、大水量、提前泼浇或加水粗喷雾”方法，确保药液淋到茎基部等发病部位，提高防治效果。
陈怀谷提醒，除早春及时用药外，秋播期间利用药剂拌种，把防治时间前移，是控制小麦纹枯病经济、有效的措施，尤其对早播麦田冬前纹枯病发生有较好的控制作用，有利于降低田间菌源基数，延缓和减轻春季发病。适用药有立克秀6%戊唑醇悬浮种衣剂等，能兼治黑穗病等病害，但要控制用量，防止影响出苗。
