1.积极选育和推广抗病品种。不同的玉米品种对黑穗病的抗性有明显的差异，选育和推广抗病品种是控制黑穗病最根本、最有效的措施。
2.普遍实行轮作倒茬。实行3年以上的轮作是减轻玉米黑穗病的有效途径。特别是玉米黑穗病严重的地方，要多种一些薯类、豆类和花生、瓜菜等作物，努力避免连续多年重茬种植。实在倒不过茬的，也要轮换种植抗病品种。
3.规范购种渠道。要从有种子经营许可证的单位购买种子，大力推广使用包衣种子或进行药剂拌种，对不包衣的种子，播种前要拌种，用立克秀、锈粉宁、多菌灵、甲基硫菌灵等药剂统一拌种，闷种4小时，晾干使用。干旱年份、旱坡地，提倡使用速保利药剂拌种，力戒“白子”下种。
4.结合田间管理及早铲除或拔除病株。病害严重的植株，在玉米抽雄前即可表现出发病症状，如植株矮化型、丛生型、多分孽型等，最显著的特征是节间缩短，植株矮化，叶色深绿，叶片增厚，顶端向一侧弯曲。根据上述表现症状，可结合中耕除草及早铲除病株。玉米抽雄后，病穗上的黑粉尚未散落前，要及时割除并带出田外统一深埋，同时将病株割倒放于田间。不要用病株病穗做饲料，也不要用其积沤肥料。
