目前，造成蔬菜污染的原因主要是农药使用不当、化肥使用不合理以及环境的污染。由于蔬菜多以鲜嫩组织供人采收食用，而这些组织也容易受病虫为害，有时在采收期还要施药防治，进行“虫口夺菜”，既要有效控制病虫为害，又要保证人类食菜安全，所以选用农药尤其重要。首先，应选择效果好，对人、畜、自然天敌都没有毒或毒性极微的生物农药或生化制剂。例如：bt制剂，对菜青虫、小菜蛾等有很好的防治效果。这类制剂被菜虫食入肠胃，在碱性条件下，发挥毒性使昆虫致死。人、畜胃内是呈酸性的，Bt毒性不能发挥，对人畜安全。生化制剂是指农用抗生素，如链霉素、青霉素等，人体都能用，在蔬菜上使用当然也是安全的。其次是选择特异性昆虫生长调节剂，如灭幼脲、农梦特、优乐得、抑太保等，这类化学农药杀虫机理是抑制昆虫生长发育，使之不能脱皮增龄，其杀虫活性很高，对人畜毒性极低。第三是选择高效低毒低残留农药。这类农药一般正常使用不会引致中毒事故，比较安全。第四是有针对性地选择药效好的中等毒性和低残留的农药。蔬菜病虫种类繁多，为害严重，特别是有些灾害性的病虫害，防治不当或不及时，会造成毁灭性的损失。生物制剂、特异功能的制剂品种少，专业性强，供选择机会有限，而且这类农药速效性稍差。在采用低毒低残留的农药还不能控制病虫的情况下，可以选用中等毒性的农药。应用这类农药必须注意：一是按照农药安全使用规程施药；二是选择毒性比较低一些的药剂，可以选择LD50超过100或者200以上的农药比较安全。
