谷子的主要病害有谷子白发病、谷子锈病、谷瘟病、谷子叶斑病及谷子褐条病等。
谷子叶斑病 主要为害叶片。叶斑椭圆形，大小2-3厘米，中部灰褐色，边缘褐色至红褐色。后期病斑上生出小黑粒点，即病菌分生孢子器。发病初期喷洒36%甲基硫菌灵悬浮剂500-600倍液或50%多菌灵可湿性粉剂600-800倍液、60%防霉宝超微可湿性粉剂800倍液30%碱式硫酸铜悬浮剂400倍液，每隔10天左右喷洒1次，连续防治2-3次。
谷子白发病 幼苗被害后叶表变黄，叶背有灰白色霉状物，称为灰背。旗叶期为害株顶端三、四片叶，叶变黄，并有灰白色霉状物，称为白尖。此后叶组织坏死，只剩下叶脉，呈头发状，故叫白发病。病株穗呈畸形，粒变成针状，称刺猬头。用50%多菌灵可湿性粉剂600-800倍液在抽穗前及扬花后喷雾防治。
谷子锈病 谷子抽穗后的灌浆期，在叶片两面，特别是背面散生大量红褐色圆形或椭圆形的斑点，可散出黄褐色粉状孢子，像铁锈一样，是锈病的典型症状，发生严重时可使叶片枯死。当病叶率达1%-5%时，可用15%粉锈宁可湿性粉剂600倍液进行第一次喷药。每隔7-10天后酌情进行第二次喷药。
谷瘟病 叶片典型病斑为梭形，中央灰白或灰褐色，叶缘深褐色。潮湿时叶背面发生灰霉状物，穗茎为害严重时变成死穗。发病初期田间喷65%代森锰锌500-600倍液，或甲基托布津200-300倍液喷施叶面进行防治。
谷子褐条病 发病时，可用72%农用链霉素或20%噻菌铜悬浮剂进行叶面喷施，每隔7天喷1次，最好连喷2-3次。病害较重的地块，要剥除老叶，除去无效茎以及过密和生长不良植株，通风透气，降低温度。
