辣椒从播种到收获的整个生长过程中，有许多病害。苗期主要有猝倒病、立枯病、灰霉病和沤根；成株期病害有青枯病、枯萎病、病毒病、晚疫病、炭疽病及疮痂病等。
一、病毒病
辣椒病毒病又叫辣椒花叶病，常见症状有四种：花叶、黄化、坏死和畸形。花叶是辣椒植株上出现最早、最普遍的症状，主要表现为病叶出现浓绿和淡绿相间的斑驳。根据严重程度不同，花叶又分为轻花叶和重花叶。轻花叶叶片基本平整，重花叶叶片上有泡状斑、皱缩，叶面常常凹凸不平。黄化常常表现在心叶、嫩叶明显变黄，有时整株或局部也有较多黄叶，出现落叶现象。坏死是指病株部分组织变褐坏死，出现条斑、顶枯、坏死斑驳及环斑等，引起大量落叶、落花、落果。畸形即病株变形，如叶片呈线条状，或植株矮小，分枝极多呈丛枝状、不结果或少结果。
病原及发病特点：引起辣椒病毒病的病毒有多种，但主要有黄瓜花叶病毒和烟草花叶病毒。烟草花叶病毒可以在烟草制品、干燥的病株残体、种子表面及土壤中的病残组织中越冬。黄瓜花叶病毒则多在其它寄主中越冬。黄瓜花叶病毒和烟草花叶病毒均可通过蚜虫传播，但烟草花叶病毒主要靠接触及伤口传播，黄瓜花叶病毒则主要由蚜虫传播。病害发生与气温关系密切，遇到高温干旱天气，易促进蚜虫传毒而导致病毒流行。此外，连作地、肥力差的地块发病重。
防治方法：
1、选种抗病、耐病品种。可选种粤丰一号、粤丰二号、新丰五号、中椒5号、中椒11号等。
2、种子消毒。采用10%磷酸三钠溶液浸种20--30分钟后清水漂洗干净催芽播种。 3、摘除病果。摘除病果、老果以及病叶，减少田间病源、减少病株的营养消耗，增强田间透气性，促进植株恢复生长。
4、灭蚜防病。注意防治蚜虫、蓟马、螨类等害虫，切断病毒病的传染源。在蚜虫发生期间，喷洒73%克螨特乳油2000倍液，或21%灭杀毙乳油6000倍液，或2.5%溴氰菊酯乳油3000倍液，或2.5%功夫乳油4000倍液。
5、药剂防治。发病初期喷20%病毒A可湿性粉剂500倍液；或1.5%植病灵乳剂800倍液；或5%病毒菌克水剂700倍液；发病较重时喷0.1%的医用高锰酸钾水溶液(不能与任何杀菌剂、杀虫剂、生长激素混用)。
二、疫病
疫病是甜椒、辣椒生产的毁灭性病害。甜椒、辣椒的苗期和成株期均受疫病侵害，叶、茎和果都会发病。苗期发病有的出现猝倒，茎基部成暗绿色水浸状缢缩或软腐，有的茎基部呈黑褐色，幼苗枯萎而死；叶片染病时出现圆形或近圆形的较大病斑，边缘黄绿色，中央暗褐色；果实染病始于蒂部，初生水浸状暗绿色斑，迅速变褐软腐，湿度大时长出白色霉层，干燥后形成暗褐色僵果挂在枝上。茎和枝条上的病斑初为水浸状，幼嫩的枝条会迅速缢缩折倒，稍老的则出现环绕表皮扩展的褐色或黑色条斑，病部以上的枝叶迅速凋萎。
该病由一种叫辣椒疫霉的真菌引起。残留在土壤、病残体和附带在种子上的病菌是主要初次侵染源。雨水飞溅和灌溉水流是传播蔓延的主要途径。在气温30℃、相对湿度85%以上是发病的最有利条件。一般在闷热多雨或大雨后天气突然转晴的天气容易发病，如果大面积连作，品种不抗病，田间渍水，偏施氮肥过重，枝叶太密通风透气差，发生流行更严重。
防治方法：
1、前茬收获后及时清洁田间，深翻土地，与非茄科类植物轮作。
2、选用抗病品种，如粤椒1、2号和广椒1、2号等下部较疏通的品种较适合高湿多雨地区种植。
3、集中培育无病壮苗。春植椒最好尽量提前用薄膜覆盖育苗，并覆盖地膜种植，避开夏季高温多雨的影响。
4、定植畦要求排水良好，施足有机基肥，及时追施肥水促秧、攻果和防衰，并在生长旺盛期配合选择喷施靓丰素、绿芬威、高镁施和爱多收等叶面肥。
5、合理用药。种子消毒可先用52℃水温烫30分钟；或清水预浸10--12小时后用1%硫酸铜液浸种5分钟，捞出后拌少量草木灰；也可用72.2%普力克水剂1000倍液浸种12小时。发病前可选用达霜宁(75%可湿性粉剂)800倍液、乙膦铝锰锌(70%可湿性粉剂)500--600倍液、大生富500倍液，每7天左右喷雾一次；也可以每亩撒施3公斤硫酸铜粉于地面防侵染。田间发病时及时选用以下药剂喷洒：霜尽(55%可湿性粉剂)800--1000倍液、灭克锰锌(60%可湿性粉剂)600--800倍液、杀毒霜净或卡霉通(64%可湿性粉剂)700倍液、霜露速净(70%可湿性粉剂)1000--1200倍、瑞毒霉(58%可湿性粉剂)500--700倍液、霜霉普克(72.2%水剂)600--800倍液。
三、根腐病
根腐病由一种称腐皮镰孢菌的真菌引起，多发生在定植后的营养生长期。起初椒苗下部叶片萎蔫，逐步向上部叶片发展，一般白天萎蔫而傍晚至次晨恢复，反复多日后整株枯死。枯死的病株常见叶片卷曲、不脱落，与甜椒和辣椒枯萎病有显著区别。根茎部及根部皮层呈淡褐色至深褐色腐烂，极易剥离，露出暗色的木质部。病部一般仅局限于根及根茎部，病死的甜椒苗很易拔起。
该病菌以厚垣孢子、菌核或菌丝体在土壤中越冬，有较强的腐生性，在土壤和病残体有机质中可存活数年，是初侵染的主要来源。病菌随雨水和灌溉水传播蔓延，施用未腐熟透的有机土杂肥也容易带菌传播。甜椒育苗期较长，而且根系较浅，在高温多雨，土壤过湿或土温过高，移苗伤根，以及管理不当造成土壤板结，影响根系发育等情况下都会加重该病害的发生。
防治方法：精心培育壮苗，在移植时尽量不伤根，精心整理，保证不积水沤根，施用完全腐熟的有机肥作基肥。定植后如遇太阳曝晒的天气，应使用干稻草等材料覆盖地面以防土温过高，并少量多次浇水以保持根区湿度和温度相对稳定，促进根系早生快发。发病初期可以选用药剂灌根或喷淋，根腐宁(40%可湿性粉)600倍液；或枯萎灵(30%可湿性粉)500倍液；或艾菌托(70%可湿性粉)800--1000倍液；或宝宁(60%可湿性粉)600倍液；或多菌灵(50%可湿性粉)500倍液。隔7--10天一次，连续用药2--3次。
