西葫芦病虫害较少，在温室栽培中主要有灰霉病、白粉病、病毒病等，虫害以烟粉虱、蚜虫为主。
一、灰霉病
灰霉病是越冬茬和秋冬茬温室西葫芦栽培中的主要病害，危害极大。
1、为害症状主要危害幼瓜。病菌从开败的花侵入，长出灰色霉层后，直侵入瓜条，造成脐部腐败。被危害的瓜条脐部变黄变软，萎蔫腐烂，病部密生灰色霉层。茎、叶接触病瓜后也可发病，大块腐烂并长有灰绿色毛。西葫芦灰霉病与化瓜在潮湿状况下的症状很相似，需详加分别，以免贻误防治时机。
2、发病条件由真菌侵染，气温在23℃，相对湿度大于94％时易发病。植株生长衰弱，低温寡照均可加重病害发生。
3、综合防治起垄覆盖，膜下暗灌，通风排湿，降低空气湿度。加强田间管理，防止植株生长过旺和徒长，培育健壮植株。激素沾花时加入速克灵进行预防。病害初起时用10％速克灵粉尘剂每亩1公斤喷粉，或用50％速克灵可湿性粉剂1500倍液喷雾。每7天1次，连喷3～4次。
二、白粉病
1、为害症状苗期至收获期均能发病。主要危害叶片，茎蔓次之。发病初期叶面或叶背产生近圆形白色小粉斑，其后发展成边缘不明显的连片白粉，严重时全叶布满白粉，发病后期白粉变黑。
2、发病条件白粉病10～25℃均可发病，20～25℃发病严重，植株徒长，管理粗放，高温干旱和高湿交替出现可诱使该病发生。
3、综合防治科学管理，避免干旱或干湿不均，培育健壮植株，发病初期用20％粉锈宁2000倍液，或50％甲基托布津600倍液，或农抗120杀菌剂100ppm进行叶面喷雾，也可用百菌清烟剂或粉锈宁烟剂熏蒸。
三、病毒病
1、为害症状在西葫芦整个生育期均可发病，主要危害叶片和果实。叶片受害后呈系统花叶或系统斑驳，重病株上部叶片呈鸡爪状，上具深绿色疱斑。果实受害导致畸形果，果面具瘤状突起而凹凸不平。病株矮小，结果少，甚至不结果。
2、发病条件病毒病由黄瓜花叶病毒（CMV）或甜瓜花叶病毒（MMV）等多种病毒单独或复合侵染所致。由棉蚜、桃蚜或汁液接触传染。高温干旱有利于发病。田间管理粗放，杂草多或邻近越冬菠菜、早播芹菜、莴苣等种植田，发病早且病害重。缺水、缺肥，植株抵抗力低，发病也会加重。一般露地西葫芦发病重于保护地西葫芦，保护地秋茬西葫芦重于春茬西葫芦。高温、干旱导致病害严重发生。
3、综合防治如提倡利用保护地栽培，提早播种或定植，可有效防止病毒病的危害；彻底铲除田间地头杂草，避开越冬蔬菜，及时防治蚜虫，防止蚜虫传毒；苗期喷施83增抗剂100倍液，提高幼苗对病毒的抗性；发病初期喷施20％的病毒A可湿性粉剂500倍液或1．5％的植病灵乳剂1000倍液，隔10天左右1次，连续防治2－3次，有一定效果。
四、烟粉虱
烟粉虱，成虫体长1．0－1．3毫米，全身表面遍布一层白色蜡粉，因而得名。成虫群居叶背面吸食汁液。成虫有趋嫩性，一般多集中栖息在西葫芦秧上部嫩叶，被危害叶片干枯。白粉虱分泌蜜露落在叶面及果实表面，诱发煤污病，妨碍叶片光合作用和呼吸作用，以至叶片萎蔫，导致植株枯死。白粉虱还能传播病毒病。
烟粉虱繁殖速度快，温室内1年可完成10代，在26℃条件下，完成1代约需25天。白粉虱在露地不能越冬，冬季转入温室内继续繁殖，夏季又转入露地为害，8－9月份危害最严重。
防治烟粉虱可采取如下措施：
1、育苗前，彻底熏杀育苗温室残余虫口，铲除杂草残株，通风口安装纱窗，杜绝虫源迁移，培育无虫苗；温室定植前要进行熏蒸，温室大棚附近，秋季尽量避免种植瓜类、茄果类、豆类等白粉虱所喜爱的蔬菜，以减少白粉虱向温室迁移。
2、利用白粉虱对黄色有强烈趋向性的特点，在白粉虱发生初期将黄板悬挂在保护地内，上涂机油，置于行间植株的上方，诱杀成虫。
3、在白粉虱低密度时及早喷药，每周1次，连续3次。可选用25％扑虱灵可湿性粉剂1500倍液，25％灭螨猛可湿性粉剂1000倍液，2．5％功夫菊酯乳油2000－3000倍液，2．5％溴氰菊酯乳油2000－3000倍液，2．5％灭王星乳油2000－3000倍液，20％速灭丁乳油2000－3000倍液，均匀喷洒于叶背面。
