朝天椒幼苗期主要病害有立枯病、根腐病、炭疽病和苗期枯萎病，主要害虫有金针虫、蛴螬、蝼蛄和蚜虫，草害主要是禾本科杂草如马唐、狗尾草、早熟禾和稗草等。育苗期搞好综合防治，是保证朝天椒高产、优质的关键一步。
根据笔者多年种植实践，每栽种1亩朝天椒，需建1个长14米、宽1.4米、深0.2米育苗池。育苗池应建在4年以上没种过茄科作物、土质良好、向阳、不积水的田块里。
每栽种1亩朝天椒需椒种150~200克，椒种须是当年收获、色泽好、无虫蚀、无霉变的种子。椒种播前应暴晒3天，以提高朝天椒种子发芽率和增强发芽势。播前要进行种子处理。种子处理的主要方法：一是用多菌灵1000倍液浸种半小时，捞出后用清水清洗两遍；二是用敌克松1克拌椒种，拌后即播（拌后到播种不能超过两小时）。
每个育苗池应用三元复合肥3公斤，加南阳产矿物肥5公斤、强旺育苗专用肥1公斤或复合微肥0.5公斤。肥土充分搅拌后灌满清水，加入辛硫磷150毫升，待水消退后将池底抹平，分两次将椒种均匀撒播，播后覆细碎土1厘米。覆土后，每池用大惠利1袋或辣椒专用苗床净1支，日本EM原液70毫升或多菌灵70毫升，加水5公斤，均匀喷洒池表，喷后覆盖地膜，加盖顶棚膜。椒苗齐苗后抽出地膜，3天后，白天温暖时可将顶棚揭一小通风孔，夜晚低温时将小通风孔关闭。随着气温升高，可将顶膜小通风孔逐步扩大进行炼苗，以提高椒苗适应能力，降低出现弱苗和长腿苗的几率，为壮苗移栽打下基础，炼苗15天后应揭去顶棚膜，浇足保苗水，下午5时后每个育苗池应用日本EM原液30毫升，加红糖20克，加水10公斤，均匀喷洒。如遇阴雨天，10天后应补喷1次。这时的幼椒苗极柔嫩，绝不能喷其他化肥、杀虫剂、杀菌剂、营养剂或激素，不然会造成烧苗甚至棵苗不存。
按上述方法进行种子处理、建造育苗池和苗后管理，可使朝天椒幼苗苗齐、苗壮，移栽后可迅速恢复生长，壮苗早发。
