1.种子霉烂。芽苗菜栽培过程中，尤其是在叠盘催芽时，容易发生烂种现象。霉烂造成的原因多是有破烂、霉烂、失去发芽力的种子在高温、高湿条件下腐烂发霉。良好的种子在长期浸水、通气不良、温度过高或过低的情况下也会霉烂。防治方法是：选用良种（切勿采用种皮为绿色或黄色品种）、淘汰劣种；催芽时必须严格控制浇水量和温度，勿积水，保持适宜的温、湿度和通风。此外苗盘必须进行严格的清洗和消毒。
2.猝倒病、立枯病及叶斑病的防治。苗期根茎部有水浸状斑，后病斑变褐，幼苗猝倒。豆类芽苗菜的根部、根茎部、豌豆的子叶等部位变黑，幼苗生长缓慢，这类症状均是猝倒病和立枯病的表现。防治方法是：彻底清洗育苗器具；清洗、暴晒重复使用的基质；采用温汤浸种进行种子消毒；严格控制温度环境，避免温度过高或过低；加强通风，降低空气湿度；减少浇水量和次数，改喷灌为浸水灌，防止空气湿度过大等。叶面病斑：萝卜芽苗菜的子叶上有时出现黑色小麻点，这是多种真菌病害侵染造成的。防治方法是：改喷灌为水浸灌水，避免水滴落在子叶上；加强通风，降低空气湿度等。
3.芽苗不整齐。芽苗不整齐使产品的商品率降低，为使芽苗生长整齐，生产上必采用高纯度且大小均匀的种子，应做到均匀播种，均匀浇水，水平摆放苗盘，经常进行倒盘，给苗盘创造均匀一致的栽培管理环境，促使芽苗生产整齐一致。
4.芽苗过老。芽苗栽培过程中，如遇干旱、强光、高温或低温时生长期过长等情况，都将导致芽苗纤维迅速形成。因此，在生产管理中应尽量避免上述情况的出现。
