番茄坐果、膨果期，正处于对水分和养分的需求旺盛期，需要根系吸收足够的水分和养分来供应植株的需求。而雨水进棚首先导致根系的呼吸和吸收功能下降。因为雨水的温度低于土壤温度，雨后番茄根系受冷,细胞收缩或爆裂，吸收作用受到抑制。所以雨水进棚后植株容易出现萎蔫，特别是雨后骤晴，光照强度大、蒸腾作用旺盛时，致使番茄植株表现出急性萎蔫的症状。
雨水进棚后，棚内的空气湿度和土壤湿度都很大，造成棚内出现“内涝”现象。晴天后棚内高温潮湿的环境非常有利于病害的发生和蔓延，例如疫霉根腐病、青枯病等根部病害及细菌性软腐病、疫病等。由于病害的感染，导致番茄死棵现象较重，应加强防治。
防治措施：
（一）防病要及时
出现雨水进棚后，首先要进行药剂灌根，防根部病害的发生。可用金雷(雷多米尔锰锌)600倍液或普力克600倍液，也可用百菌通(琥乙磷铝)或安克锰锌1000倍灌根1-2次，重点防治番茄的疫病、茎基腐病和疫霉根腐病等。叶部病害防治也不可忽视，可叶面喷施苯醚甲环唑（阿米西达）1500倍液或百菌清（达克宁）600倍液，也可喷施大生或多抗霉素(宝丽安)等。最好是叶面喷雾和灌根同时进行，以便在雨后控制住这些侵染性病害的发生和蔓延，减轻死棵现象的发生程度。
（二）浇水与否，视情况而定。
对于“涝浇园”（即雨后浇清水），应该区别对待。
雨后应视棚内情况，在棚内积水不多的条件下迅速浇一次井水，对缓解作物根系吸收功能下降、供水不足引起的急性萎蔫效果比较明显。但这次浇水要注意生根剂或生根菌肥的配合使用如大源落地生根、中港泰富生根粉等，促进新根的萌发和受伤根系的恢复。
大雨过后棚内积水较多时，最好不要“涝浇园”，以免加重根系的受伤程度，应以排涝和预防病害为主，具体措施如下：
首先，在防病的基础上，应进行中耕划锄，增加土壤通透性，以利于根系呼吸作用的进行和尽快排除土壤中的过多水分。
其次，采取适当措施遮阴非常有必要。雨后骤晴时叶片蒸腾量加大，植株容易出现急性萎蔫，严重时萎蔫不可恢复。可适当拉放草帘子或覆盖遮阳网，使番茄缓慢见光，减缓蒸腾作用，缓解萎蔫。
再是，虽然棚内湿度比较大，但根系的吸收量很小，所以通风排湿不能过急，应根据天气情况缓慢进行，以防植株急性失水引起萎蔫。
最后，等到土壤状况允许时，再浇一到两遍井水进行压盐。
