保护地韭菜主要有灰霉病、疫病、细菌性芽腐病、生理性病害“干尖症”等。要针对不同情况加以防治。
症状特点
1.韭菜灰霉病 冬季冷棚的主要病害，严重时减产20~30%，病害主要发生在叶片上，发病初期叶面上产生白色至灰褐色的小点，正面多于背面，扩大后呈椭圆形或梭形；后期互相合成大片枯死斑，潮湿时枯叶表面密生灰色至灰褐色绒毛状霉层，有时由割茬的刀口处向下腐烂。
2.韭菜疫病 可发生于韭菜各部位，尤以假茎和鳞茎危害最重。叶片发病后，初期出现暗绿色水浸状病斑，病斑扩展到叶片一半时，叶片变黄、下垂、软腐，叶鞘易脱落。潮湿时，假茎上长出灰白色稀疏霉层。鳞茎被害时，根盘部呈水浸状浅褐色到暗褐色腐烂，纵切内呈浅褐色。根部受害根毛减少，影响水分吸收，长势明显减弱。
3.韭菜细菌性芽腐病 主要发生于叶片上，发病后外侧茎叶生长不良并往内侧发病腐烂。
4.韭菜士尖症 “干尖”是保护地韭菜常见的生理性病害。发病原因不同，表现出的症状也不同。有的叶片生长缓慢、细弱，外叶枯黄；有的叶尖枯萎，渐变褐色；有的叶尖变枯白色；有的先外叶叶尖变茶褐色，后渐变褐色；有的嫩叶呈轻微黄白色，外部叶片黄白枯死。
病原菌的传播及发病条件
1.韭菜灰霉病 由葡萄孢属真菌侵染发病。 以菌核在土壤的病残体上越夏。韭菜收割时，菌核产生的分生孢子散落地表，通过灌溉、农事作业等传播到新叶片子，浸染发病。菌丝生长适温15~21℃，相对湿度95%以上，孢子萌发。棚内低温、高湿、日照不足是该病发生蔓延的重要条件。
2.韭菜疫病 是疫霉属真菌侵染引起。病菌在土壤中的病残体上越冬。潮湿条件下产生孢子囊或卵孢子，侵染寄主发病，经气流、灌水传播，进行再侵染。病害发生的最适温度为25~32℃。雨季旱、雨水多的年份；地势低洼、排水不良、放风不及时的保护地，发病严重。
3.韭菜细菌性芽腐病 细菌性病害，除危害韭菜，还可侵染洋葱、葱。低温时有很强的致病性，主要通过收割时刃器传播。
4.韭菜干尖症
发病原因主要有
⑴土壤酸性危害 韭菜生长要求中性土壤，长期大量施用粪稀、饼肥、硫酸铵等酸性肥料会使土壤酸化，导致干尖。
⑵有毒气体危害 盖膜前后施用含氨气的肥料（如碳酸氢铵等）可造成棚室内氨气的过量积累而引起干尖，发生氨害的棚内可闻到氨味。
⑶高温危害 如果棚室内温度长期超过32℃，又未及时通风，或连阴雨天后骤然出现高温，或高温后突然有冷风侵入都可造成叶尖枯黄，导致干尖。
⑷微量元素的缺乏或过剩 韭菜缺钙时，心叶黄白，部分叶尖枯死；缺镁时，外叶黄化枯死；缺硼时，中心叶黄白，生长受阻；硼过剩时，从叶尖开始枯死；锰过剩，嫩叶轻微黄白，外部叶片黄白枯死。
⑸通风不当 通风时由于冷风吹入，造成“闪苗”导致干尖。
⑹干旱危害 土壤中水分不足能引起干尖。
防治方法
1..韭菜灰霉病
⑴农业防治 适时通风，降低棚内湿度是防治灰霉病的关键措施。加强田间管理、注意田园清洁，韭菜割后清除、深埋或烧毁剩余病叶；加强肥水管理及中耕，要小水勤洗，降低田间湿度；培育壮苗，增强植株的抗病能力；选用抗病品种。
⑵药剂防治 初发病用50%腐霉利可湿性粉剂（速克灵）1000~2000倍液、50%异菌脲悬浮剂（扑海因）1000倍液喷雾。每亩喷药液40~50公斤。重点喷新生叶片、周围土壤表面，7~10天1次，连喷2~3次。
2.韭菜疫病
⑴农业防治 实行轮作；加强栽培管理，摘除下部老叶增加光照；及时排涝、及时通风。
⑵药剂防治 用75%百菌清500~700倍液、40%乙膦铝300倍液、64%的恶霜灵锰锌400~600倍液、70%的乙膦铝锰锌500倍液喷雾或灌根防治；或发病初期可用45%的百菌清烟剂250克/亩熏蒸或百菌清粉尘1公斤/亩喷撒。每隔7~10天用药1次，连续2~3次。
3.韭菜细菌性芽腐病
推迟收割发病株，防止二次传染；药剂防治可用72%农用链霉毒3000~4000倍液、53.8%氢氧化铜干悬浮剂800倍液、50%消菌灵800倍液、47%加瑞农800倍液喷雾。
4.韭菜干尖症
据症状诊断发病原因，确定防治方法。
⑴尽量避免或少施酸性肥料，一旦土壤酸化可撒石灰来调节土壤酸度，使土壤pH值为7。
⑵盖膜前后不要直接施用大量碳酸氢铵或地面撒施施尿素。覆膜后可追施硝铵。
⑶及时放风降温和适时浇水，增加氮肥，增强韭菜的耐热能力。原则上不通底风，只开中、上部放风口，这样即有利于降温，又容易将湿气和有毒气体排除。
⑷注意施用充分腐熟的有机肥，补充各种微肥。
⑸尽量避免过量使用含锰农药（如代森锰锌等），以免锰过剩引起韭菜干尖。值得提醒的是：在每茬韭菜收割后均应喷药保护。
