番茄适宜分苗1～2次，以1次较为普遍。这是因为：分苗次数越多，对根系的伤害也就越重，容易造成根系过早老化。同时，由于分苗次数过多，导致幼苗生长因营养供应不足而受到抑制，当幼苗生长受抑制的时间过长，便会形成老化苗。另外，实践证明，番茄每分一次苗，育苗时间就要相应延长5～8天，在环境条件不适宜时，延长的时间更长。
分苗次数过多，也易对番茄苗造成其它伤害。如分苗过程中小苗容易受到饥饿伤害；在花芽分化期里进行分苗，会对花芽分化产生不良影响。
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