从第一片真叶到花蕾显现为幼苗期。虽然番茄种子较小，贮藏的营养物质不多，但完成从异养生长到自养生长的转变比较快，主要原因是番茄幼苗根系的迅速生长打下了良好的基础。种子发芽后，最初根系生长占较大的优势，早熟品种表现更为突出。发芽后20-30天，幼苗主根可达40-50厘米，并形成大量的侧根。种子直播，投芽后60天左右，根系可深入土中80厘米以上。幼苗移植时，根系受到损伤，但番茄根系的恢复力较强，大量侧根的发生促进了幼苗地上部的迅速生长。
幼苗根系与地上部生长的关系，不同品种有所差异。在花芽开始分化前，一般早熟品种的根系生长速度比晚熟品种快，地上部增长量几乎相似。随着幼苗的生长，晚熟品种的根系发育加快，很快就超过早熟品种，地上部增长量也逐渐加大。可见，不同熟性番茄品种的早熟性及丰产性从苗期的生长发育就有其明显的特点。为获得番茄的早熟及丰产，必须重视和加强苗期根系的培育。
番茄幼苗期经历两个不同的阶段，即花芽分化前的基本营养生长阶段和花芽分化及发育阶段。营养生长为花芽分化及进一步营养生长打下基础。同时，子叶与展开的真叶所形成的成花激素，对番茄花芽分化有明显的促进作用。因此，子叶大小直接影响第一花序分化的早晚，真叶叶面积大小影响花芽的分化数目及花芽质量。所以，培育肥厚、深绿色的子叶及较大的一二片真叶是培育壮苗不可忽视的基础。播种后25-30天，幼苗2-3片叶时，花芽开始分化，进入幼苗期的第二阶段，即花芽分化及发育阶段。幼苗及根系的相对生长率显著下降，表现出生殖发育对营养生长的抑制作用及各器官生长的激烈竞争。但是，上述的变化很快地得到恢复，恢复的快慢及恢复程度与育苗条件有关。从这时开始，营养生长与花芽发育同时进行，播种后35-40天开始分化第二花序，再经10天左右分化第三花序。
花芽开始分化的节位，受品种及育苗条件所支配。早熟品种最早可在6片真叶后出现花芽，但育苗条件不良，分化节位相应增高。花芽开始分化后，一般2—3天分化一个花芽，与此同时，花芽相邻的上位侧芽开始分化生长，继续分化叶片，当第一花序花芽分化即将结束时，下一花序已开始了初生花的分化，如此不断往上发展。到第一花序呈现大蕾时，第三花序花芽已经完全分化。花芽分化早而快以及花芽分化的连续性是番茄花芽分化的主要特点。
从一个花芽来看，先从外侧器官逐渐向内发育，即萼片→花瓣→雄蕊→雌蕊，从分化初期到萼片形成期花芽伸长速度较慢，进入萼片形成期后，发育速度加快，至花粉母细胞形成期及花粉四分子形成期，花芽生长速度更快。从花芽分化到开花约经30天左右，即从播种到开花需经55—60天。
不同品种的花芽分化始期及花芽发育进程不同，早熟品种花芽开始分化早，各花序的花芽发育都较中、晚熟品种快，这与上述的早熟品种根系发育特点是一致的。
在幼苗期，花芽的分化及发育是与幼苗的营养生长同时进行的，而且后者是前者的基础。当然，幼苗的根系发育，叶面积大小都与花芽的分化及发育有关，但茎粗与花芽分化的关系更为密切，第一花序开始分化的茎粗标难为2.0毫米左右，第二花序4.5毫米左右，第三花序7—8毫米。虽然不同品种及不同育苗条件下花芽分化的茎粗指标有所变化，但与其他营养生长指标相比，茎粗仍然可以看做是比较可靠的指标，因为它更能说明营养物质的合成与积累。
