丝瓜的采种，可结合生产田进行。但必须严格进行品种间的隔离，要求不同的丝瓜品种间相距1000米以上。最好用精选的丝瓜原种专门设繁种田进行采种。丝瓜留种以根瓜和第二条瓜为好，根瓜结果早，生长发育时间长，种子饱满，种子质量好。留种时，选生长健壮，无病虫害，茎、叶、花、果等性状具有本品种典型特征的植株，对其第一朵或第二朵雌花进行人工辅助授粉。授粉后，对授粉的雌花要作标记。但对于瓜条细长的长丝瓜品种，由于根瓜留种易发生种瓜着地而烂瓜等现象，这类品种的种瓜应留在较高的位置(刚上棚处结的瓜)。采收成熟的种瓜时，还应结合本品种的特性，对种瓜再进行一次选择和淘汰。即要选择果型具有本品种特征的，瓜条粗正、瓜柄肥大、瓜条生长发育快、无病虫害的瓜作种瓜。在种瓜发育过程中忌湿度过大，如果连续阴雨或果实接触潮湿的土壤，容易感染绵腐病。
当瓜皮硬化、皮色变枯黄时，表明种瓜已充分成熟，即可采收。一般开花至生理成熟需40天左右。种瓜采收后，可在瓜的顶部打几个小孔，或切除项尖部，挂在通风良好的地方，使瓜内的水分迅速散发，待瓜条充分晾干后，再掏取种子。掏种方法是：将干燥的种瓜撕去硬皮，露出丝瓜络，再将丝瓜络的项部切开一段口子，用力拍打拌动，可使全部的种子散落出来。丝瓜饱满的种子主要集中着生在种瓜项部粗大部位，瓜把部分没有种子或种子发育不良。一条种瓜一般可采收种子200-400粒，大型瓜品种种子还可再多些，小型瓜种子较少。
