辣椒日灼病、脐腐病、软腐病和疫病四大果部病害，生产上又称“四大烂果病”。辣椒挂果期发生这四大病害，对辣椒的产量和品质影响很大，因此，应及早进行有效防治。
日灼病。日灼病是在高温天气条件下，果实向阳部分受阳光直晒，使果皮褪色变硬，产生灰白色革质状斑，病部表面变薄，果肉组织坏死发硬。后期易被其他病菌浸染，出现黑霉并发生腐烂。防治日灼病主要是要及时浇水，均衡供水，改善田间小气候。同时在整枝打权时适当留两片叶再摘心，这样可起到遮阳降温的作用，减少病害发生。
脐腐病。脐腐病即果实脐部受害，初呈暗绿色水渍状斑并迅速扩大，病部皱缩，后期表面凹陷。常因寄生其他病菌而变黑或腐烂。脐腐病的发生主要是因为高温干旱，土壤水分供应不足，辣椒植株钙元素供应不平衡，导致果实缺钙。另外，偏施氮肥也会影响植株对钙的吸收，导致果实缺钙产生脐腐病。当土壤中含钙量在0.2%以下时容易发生该病。防治脐腐病可用1%的过磷酸钙溶液或0.1%的氯化钙溶液喷雾。另外，如病部变黑或腐烂，可结合黑霉病或软腐病同时防治。
软腐病。软腐病发生初期呈水溃状暗绿色斑，后全果软腐，具恶臭味，内部果肉腐烂，果皮变白，干缩后果实一般挂在枝条上，遇外力后即脱落。防治软腐病可用72%农用链霉素，或50%DT杀菌剂，或40%硫酸链霉素可溶性粉剂，或可杀得、加瑞农等药剂交替喷雾，每隔7天喷1次，连喷2-3次。
疫病。疫病发生多数先从蒂部染病，呈水渍状灰绿色病斑，后迅速变褐软腐。潮湿天气时，表面长出稀疏的白色霉层，病果干缩不脱落。其他部位如茎杈枝叶上，常有水渍状褐斑。防治疫病可用64%杀毒矾与55%瑞毒霉混合液（两种药剂各加30克溶于15公斤水中），或58%甲霜灵锰锌400-600倍液，或69%安克锰锌800-1000倍液，或60%氟吗·锰锌750-1000倍液等交替喷雾，每隔7天喷1次，连喷2-3次。
