冬季辣椒易发生疫病和根腐病，应及早采取措施防治。
疫病是冬季辣椒生产上的主要病害之一，茎、叶和果实均可染病。发病初期病斑水渍状，果实发病多从果蒂开始，后期病斑呈深褐色和黑色，严重时引起组织腐烂，湿度大时病斑表面长出白色霉层。发现植株发病，应尽早将病叶和病果带出棚外，并用25％甲霜·霜脲氰可湿性粉剂500倍液喷雾防治。茎秆发病，采用涂抹药剂的方法效果好。防治辣椒疫病，还应及时放风，降低棚内湿度；合理调节植株密度，增强通风透光性。
辣椒的根系较浅，加上喜湿怕涝，冬季肥水管理不当根系易受损伤，引发疫霉根腐病、腐皮镰孢菌根腐病等病害。预防辣椒根部病害，应加强肥水管理，防止根系受伤，并及时拔出病死株。同时，用阿米西达250克/升嘧菌酯悬浮剂（1000倍液）加铜高尚27.12%碱式硫酸铜悬浮剂（600倍液）灌根。
