微量元素对番茄的生长发育有着无法替代的作用，一旦某种微量元素缺乏，就会通过植株的外部形态表现出相应的缺素症状，生产上多以此作为诊断缺素和采取补救措施的依据。
缺铁症 番茄缺铁时，顶端叶片失绿，从顶叶向下部老叶发展，并有轻度组织坏死。预防及补救措施：在番茄生长期或发现植株缺铁时，用0.5%～1%硫酸亚铁溶液叶面喷施。
缺硼症 番茄缺硼时，最显著的症状是小叶失绿呈黄色或桔红色，生长点变黑。严重缺硼时，生长点凋萎死亡，幼叶的小叶叶脉间失绿，有小斑纹，叶片细小，向内卷曲。茎及叶柄脆弱，易使叶片脱落。根生长不良，褐色。果实畸形，果皮有褐色侵蚀斑。预防及补救措施：在番茄苗期、花期、采收期或发现植株缺硼时，用0.05%～0.2%硼砂或硼酸溶液叶面喷施。
缺锰症 番茄缺锰时，叶片主脉间叶肉变黄，呈黄斑状，叶脉仍保持绿色，新生小叶呈坏死状；由于叶绿素合成受阻，严重影响植株的生长发育。缺锰严重时，不能开花、结实。预防及补救措施：在番茄生长期或发现植株缺锰，用1%硫酸锰溶液叶面喷施。
缺锌症 番茄缺锌时，植株顶部叶片细小，小叶叶脉间轻微失绿，植株矮化。老叶比正常小，不失绿，但有不规则的皱缩褐色斑点，尤以叶柄较明显。叶柄向后弯曲呈一圆圈状，受害叶片迅速坏死，几天内即可完全枯萎脱落。预防及补救措施：在番茄苗期、花期和采收初期或发现植株缺锌时，用0.1%硫酸锌溶液叶面喷施。另据试验报道，番茄施用锌肥，可增产2.7%～24.5%，可食部分含锌量增加0.178毫克/克。
缺钼症 番茄缺钼时，老叶先褪绿，叶缘和叶脉间的叶肉呈黄色斑状，叶边向上卷，叶尖萎焦，渐向内移；轻者影响开花结实，重者死亡。预防及补救措施：在番茄生长期或发现植株缺钼时，用0.01%～0.1%钼酸铵溶液叶面喷施。
