一、西芹软腐病
主要发生于叶柄基部或茎上。先出现水浸状、淡褐色纺锤形或不规则形凹陷斑，然后呈湿腐状，变黑发臭，只残留表皮。病原细菌在土壤中越冬，从伤口侵入，借雨水或灌溉水传播蔓延。湿度大时发病重，有时和冻害或其他病害混发。
防治措施：实行3年以上轮作；移栽、松土或锄草时避免伤根；雨后及时排水；发现病株及时挖除，并撒入石灰消毒；发病期减少浇水或暂停浇水；发病初期用72%农用硫酸链霉素3000倍液喷雾防治，隔7～10天喷1次，连续防治2～3次。
二、西芹斑枯病
主要危害叶片。刚开始发病的时候，叶片病斑呈圆形或不规则形，边缘明显，黄褐色，中央灰白色，上散生黑色小点。冷凉、高湿、多雨或植株衰弱时发病重。
防治措施：加强田间管理，施足底肥，合理追肥，增强植株抗病力；要注意降温排湿，缩小昼夜温差，减少结露，不要用大水漫灌，可采用膜下暗灌；发病时，可以喷撒5%百菌清粉尘剂，每亩每次1公斤，也可以喷75%百菌清可湿性粉剂600倍液、60%琥·乙膦铝可湿性粉剂500倍液、47%加瑞农可湿性粉剂500倍液，隔7～10天1次，连续防治2～3次。
三、西芹菌核病
主要危害芹菜茎、叶。受害部初呈褐色水浸状，湿度大时形成软腐，表面生出白色菌丝，后形成鼠粪状黑色菌核。菌核萌发温度5℃～20℃，15℃最适宜，相对湿度85%以上时该病易发生和流行。
防治措施：实行3年轮作；发病初期喷洒50%速克灵或50%扑海因或70%甲基托布津可湿性粉剂600倍液或50%多菌灵可湿性粉剂500倍液。发病后喷撒5%百菌清粉尘剂，每亩每次1公斤。
四、西芹病毒病
芹菜全株都可以染病毒病。初期叶片皱缩，呈浓、淡绿色斑驳或黄色斑块，表现为明显的黄斑花叶。严重时全株叶片皱缩不长或黄化、矮缩。病毒在田间主要通过蚜虫传播，也可通过人工操作接触摩擦传毒。栽培管理条件差、干旱，蚜虫数量多发病重。
防治措施：做好蚜虫的防治工作，可用黄板诱杀；加强肥水管理，促进植株生长健壮，提高植株抗病力；进行叶面喷肥，也可提高耐病性；发病初期喷洒1.5%植病灵乳剂1000倍液或20%病毒A可湿性粉剂500倍液。
