大棚蔬菜因品种繁多，栽培方式多样，耕作制度复杂，温度高、湿度大，病害易发生，且病虫害种类多，为害重。
有些菜农对于各种蔬菜病害，不论是真菌性病害、细菌性病害、病毒性病害还是生理性病害，看见蔬菜叶、果梢有变化就喷施农药；对于各种蔬菜虫害，不管是由螨类引起的还是蚜虫引起的，也不管所用之药能不能兼治其虫，只要见虫就打药喷杀。这种做法是不对的。
每种病虫都有独特的习性与为害特点，如白粉病易侵害瓜菜幼嫩部分，黑斑病则易从下部叶片开始浸染，螨类多集结于叶片背面吸取蔬菜汁液。大部分防治病虫害的药剂，专一性特别强，往往针对某一种或某一类病原物引起的病害或虫害，对其他病害或虫害则无效。所以在施药时一定要因病、因虫施药。
个别菜农见到棚室内有虫害，就想彻底消灭掉，其实完全没有必要。从经济学角度来讲，棚室内的害虫只要不超过防治指标就不必防治，否则有可能会降低产出投入比，得不偿失。
