近年来保护地西葫芦种植面积逐年扩大，由于连年重茬栽培，病菌数量逐年积累，土壤养分比例失调，加上管理不当、防治不力等原因，植株死亡现象日趋严重。其中，造成西葫芦植株死亡的侵染性病害主要是枯萎病、蔓枯病、灰霉病、软腐病、疫病和黑星病，病菌从自然孔口或伤口侵入，借风雨、灌溉水或农事操作传播，适温高湿条件下连作田块发病重。采取选用抗病品种、消毒灭菌、嫁接换根、科学管理等措施，再辅之药剂处理，可以实现无公害生产。
选用抗病品种 目前适合保护地栽培的西葫芦品种较多，如早青一代、奇山2号、美国碧玉、京葫2号等，其中奇山2号、美国碧玉较抗软腐病。各地应根据发病种类及特点选择适当的抗病品种。
消毒灭菌 播前用55℃温水烫种15分钟，或用多菌灵拌种。整地前每亩用生石灰100公斤或高锰酸钾2～2.5公斤对土壤消毒。定植前2～3天，每亩用硫磺粉1～1.5公斤、锯末2.5～3公斤混合，分放5～6处点燃，密闭棚室一夜。
增施有机肥 增施有机肥可以改善土壤理化性状，提高土壤肥力，使植株生长健壮，增强抗病能力。有机肥必须充分腐熟，肥与土混合均匀，用量不能过大，以免引起烧根。
嫁接防病 利用南瓜等砧木耐低温、根系发达、下胚轴生长良好及植株生长旺盛的特点，通过靠接或插接的方法，使嫁接后的植株根系发达，耐低温能力增强，提高抗病能力。
清洁田园及棚膜 及时摘除病叶、病花、病果等发病组织，发现中心病株及时拔除，带出田外集中深埋或销毁。摘除病变部位时，最好先用塑料袋套住发病部位，使病部落入袋中，防止病菌传播。及时清洁大棚膜，增加透光性，增强植株生长势，提高植株抗病能力。农事操作过程中尽量避免造成伤口，以免病菌侵入。
调节棚室温湿度 推广高畦地膜覆盖和膜下滴灌技术，适时适量浇水。上午棚内尽量保持较高温度，以抑制病菌产生孢子，并使棚内露水雾化蒸发；下午加大放风量，降低棚内湿度；夜间适当提高棚温，避免或减少叶面结露。
药剂防治 枯萎病发病初期，可用农抗120 2％嘧啶核苷类抗菌素水剂150～200倍液或高锰酸钾500～600倍液灌根，每株灌药液250毫升；也可以用75％敌磺钠可湿性粉剂150倍液涂抹病部。蔓枯病发病初期，可用70%甲基硫菌灵可湿性粉剂500～600倍液，或福星40％氟硅唑乳油800～1000倍液，或50％醚菌酯水分散粒剂3000倍液喷雾；也可以将上述药剂稀释50倍涂抹病部。灰霉病发病初期，可以每亩棚室用10％腐霉利烟剂200～300克或45％百菌清烟剂200～250克，分放4～5处闭棚熏烟，每隔7～10天一次，连续防治2～3次；或者用50%腐霉利可湿性粉剂1500～2000倍液，或50%异菌脲可湿性粉剂1500～1800倍液喷雾防治。软腐病发病初期，可用50％琥胶肥酸铜可湿性粉剂500倍液，或14％络氨铜水剂300倍液，或加瑞农47%春雷·王铜可湿性粉剂700倍液喷雾，每隔7～10天一次，连续防治2～3次。预防疫病，可用25％甲霜灵可湿性粉剂或克露72%霜脲·锰锌可湿性粉剂配制药土撒于瓜根周围；发病初期可用杀毒矾64% 霉·锰锌可湿性粉剂500～600倍液喷雾，或用14％络氨铜水剂300倍液浇灌，每隔5～7天一次，连续防治3～4次。黑星病发病初期，可以用45％百菌清烟剂熏蒸，或者用50％异菌脲可湿性粉剂1500倍液或福星40％氟硅唑乳油8000倍液喷雾，每隔7～10天一次，连续防治2～4次。
