芹菜生长过程中，常因病菌侵染、植株缺素等出现黑心腐烂等症状，应有针对性地采取措施预防。
黑腐病 由茎点霉真菌侵染引发的病害，病菌从茎基部或叶柄基部侵入，使植株近地面处发病，随后向上侵染，造成心叶腐烂。病部呈黑褐色腐烂状，有时会产生小黑点（病菌分生孢子器）。主要由种子带菌引起，苗期可造成猝倒死亡，多数在移栽后发生，造成植株大量死亡。可在发病初期喷施丙森锌、甲基硫菌灵等药防治。
软腐病 属细菌性病害，造成茎部和叶柄腐烂。病初叶片似开水烫伤状，继而颜色变深，发出臭味，常造成茎秆折断。病菌多从伤口侵入，借水传播。可在发病初期喷施农用硫酸链霉素、铜高尚27.12%碱式硫酸铜悬浮剂等药防治。
缺硼 芹菜对硼敏感，土壤缺硼或因干旱、偏施氮肥造成植株缺硼，会造成茎秆和叶柄开裂，细菌由此侵入，使芹菜心叶变黑腐烂。受害田块应及时补施硼肥。
缺钙 土壤呈酸性和降水量较大的地区植株易缺钙，偏施氮肥、土壤干旱会加重病情，应注意科学施肥，特别要增施有机肥。在重病区，可在芹菜有7～8张叶片时，喷施氯化钙溶液或硝酸钙溶液，每隔7天一次，连喷3～4次。
