在大棚蔬菜生产中，施用有机肥应注意以下几个问题：
一是要控制有机肥用量，并配合适量的速效性化肥。一般以每年每亩的大棚施用腐熟的鸡粪5－7吨或猪、牛等厩肥6－8吨为宜，新建大棚适当多些，种植五年以上的大棚应适当减少用量。对于有机质含量较低的风砂土、盐碱土、白浆土、黑钙土等适当多些，而有机质含量较高的黑土、草甸土适量少些。
二是有机肥必须充分腐熟，严禁施用未充分腐熟的有机肥。新鲜的畜粪便含有病菌及寄生虫，不宜直接使用，一般应经堆制，在发酵、腐熟过程中杀死各种病菌、虫卵及其它杂种种子，还可将肥料中的有机物质逐步分解为植物可以吸收的各种营养成分。
三是有机肥施用尽量多样化，避免多年单一施用一种有机肥料，并配合施用一些生物肥料。
四是使用腐熟的沼气发酵肥 。沼气发酵是利用人畜粪尿、作物秸秆、青草、农业废气物、生活污水等各种有机物，在隔绝空气和一定温度、水分、酸碱度等条件下，经过多种微生物共同嫌气分解的结果。无公害蔬菜田使用沼气发酵肥要求密封储存期30d以上，高温沼气发酵温度53 ℃左右持续2d，在使用粪液中无孑孓，池的周围无活的蛆、蛹或新羽化的成蛹。沼气池残渣经无害化处理后方可使用。
五是化肥和农家肥混用好处多。 化肥的特点是养分含量高、肥效快而持续时间短。养分单一，农家肥是完全肥料，养分含量低肥效慢而持续时间长。故二者可取长补短。
生产无公害蔬菜已成为农业生产的当务之急，除了在施肥上应注意之外，在病虫害上也应采取措施综合防治，以生物农药为主，配合低毒、低残留的化学农药。让人们真正吃上放心的无公害蔬菜。
