棵子上留短果柄，易致茎秆发病。秋季时棚内气温较高，病害较少，茎秆上留下的果柄剪口很快干燥。而到了深冬季节，棚内低温高湿的环境适宜各种病害的发生，这些果柄剪口处容易染病，进而导致茎秆发病。经常见到的情况有两种：一种是果柄处感染细菌性病害，果柄呈“黏糊糊、臭烘烘、烂糊糊”的腐烂症状，病害顺果柄侵染茎秆，从而导致圆茄烂杆子，茎秆出现跟果柄一样的腐烂症状。另一种是果柄被灰霉病侵染，后来病害侵染茎秆，导致茎秆呈灰褐色干枯。病部布满灰霉孢子，在喷药、放风或整枝管理时，会随气流散发出去，侵染其他的器官发病，如从花器侵染导致烂果。
棵子上留短果柄，果上的果柄过长，还容易造成圆茄在运输过程中受伤，影响圆茄的商品性。所以，菜农采摘后还得费工把靠近果实端过长的果柄剪除，没有必要。
而摘果后在圆茄茎秆上留下一个“长把儿”，果上的果柄就自然短了。这个“长把儿”即使感染病害，容易被发现，且病害要侵染到茎秆也有一段距离，有利于在病害侵染茎秆前进行防病。因此，在摘除圆茄时，留下个“长把儿”更有利。
要防止病害从圆茄果柄处侵染发病，首先要注意：在摘圆茄时要给果剪消毒灭菌，以防剪口侵染病害。菜农常用的措施为，在果剪上涂抹百菌清。
对于已经感染病害的果柄要立即剪除。剪除这些果柄时应先用塑料袋将其套起来再剪除，以防止上面的灰霉孢子等病菌传播出去。
山东青州市菜农张胜玉说，他每次剪除果柄后都用打火机烧一下剪口，约2分钟的时间，剪口处感染病害的几率大大减小。而且即使已发病的果柄，这样烧一下，病害也会减轻不少。
