芥菜软腐病是一种细菌性病害。发病初期叶片萎蔫下垂，晴天中午更为明显，发病严重的病株叶柄基部及根茎髓部完全腐烂，充满浅灰褐色、粘稠状物质，且具有恶臭气味，最后茎基部烂成一个大空洞，严重时可造成全株死亡。主要防治方法有：
（1）把好茬口关：将芥菜与禾本科作物进行轮作，避免十字花科作物连作。
（2）把好耕作关：一是整地要平，避免畦面出现高低不平；二是厢沟要深，要求沟的深度达到25～30cm（沟宽40cm）；三是畦面要高，要求畦面高度达到30cm以上。
（3）把好管水关：对芥菜的管水，应采取浇水的方法进行抗旱，避免大水串灌、漫灌而导致人为传播病害。
（4）把好施肥关：应采取配方施肥的办法，避免过量施用氮素肥料而人为诱发病害。
（5）把好除虫关：防好地下害虫、钻蛀性害虫、叶面害虫等三大类型的害虫，从而防止虫伤株、减少病原菌侵入机率，这是预防芥菜软腐病发生的重要措施之一。
（6）把好用药关：在芥菜发病初期用药是最佳防病适期。除拔除病株后集中销毁外，还应在病穴的四周撒施少量石灰进行消毒。
