辣椒烂果是多种病害的共同症状，但病源不同，症状各异，防治方法也不一样。其主要烂果原因与防治措施是：
日灼病烂果：日灼是在强光照射引起的生理病害，主要发生在果实向阳面上。发病初期被太阳晒成灰白色或浅白色革质状，病部表面变薄，组织坏死发硬，后期腐生菌侵染，长出灰黑色霉层而腐烂。该病主要是果实局部受热，灼伤表皮细胞引起。在叶片遮荫不好，土壤缺水或天气干热过度，雨后暴热，易引起此病发生。应及时浇水，均衡供水，改善田间小气候。在整枝打杈时适当留两片叶再摘心，这样可起到遮阳降温的作用。
脐腐病烂果：果实脐部受害，初呈暗绿色水渍状斑并迅速扩大，病部皱缩，后期表面凹陷。常因寄生其他病菌而变黑或腐烂。究其原因，主要是因为土壤水分供应不足，辣（甜）椒植株供应钙元素不平衡，导致果实缺钙。另外，偏施氮肥，也会影响植株对钙的吸收，导致果实缺钙产生脐腐病。可喷洒1%的过磷酸钙溶液或0.1%的氯化钙溶液。另外，如病部变黑或腐烂，可结合黑霉病或软腐病同时防治。
软腐病烂果：初呈水渍状暗绿色斑，后全果软腐，具恶臭味，内部果肉腐烂，果皮变白，干缩后果实一般挂在枝条上，遇外力后即脱落。可喷施72%农用链霉素或50%DT杀菌剂或40%硫酸链霉素可溶性粉剂，每隔7天喷1次，连喷2～3次。
疫病烂果：多数先从蒂部染病，呈水渍状灰绿色病斑，后迅速变褐软腐。潮湿天气时，表面长出稀疏的白色霉层，病果干缩不脱落。其他部位如茎杈枝叶上，常有水渍状褐斑。要注意加强防治。可喷64%杀毒矾与55%瑞毒霉混合液，或58%甲霜灵锰锌或69%安克锰锌或60%氟吗锰锌等，每隔7天喷1次，连喷2～3次。
灰霉病和菌核病引起的烂果：灰霉病以门椒、对椒发病较多，在幼果顶部或蒂部出现褐色水渍状病斑，后凹陷腐烂，呈暗褐色，表面出现灰色霉层，其它部位症状较少。菌核病由果柄发展到全果，呈水渍状腐烂，浅灰褐色，其它部位也有相似的症状。防治：湿度大时可用速克灵烟剂薰，湿度不大时可选喷速克灵菌核净或50%速克灵与70%甲基托布津混合液，每6天1次，连喷2-3次。
