棚室青椒发生烂果病的常见原因有以下几种：
青椒疫病容易引起的烂果：疫病从苗期到结果期一生都有发生，是造成落花、落叶、落果的主要病害，烂果多数先从蒂部染病、呈水渍状灰绿斑后迅速变褐软腐。湿度大时，表面长出稀疏的白色霉层，果实干缩不脱落；其它部位如茎杈枝叶上，常有水渍状褐斑。连喷2～3次。
灰霉病和菌核病引起的烂果：灰霉病于初花幼果期危害最多，以门椒、对椒发病最重，在幼果顶部或蒂部出现褐色水渍状病斑，后凹陷腐烂，呈暗褐色，表面出现灰色霉层，其它部位症状较少。菌核病由果柄发展到全果，呈水渍状腐烂、浅灰褐色，其它部位也有类似的症状。
软腐病引起的烂果：初呈水渍状暗绿斑，后全果软腐，具恶臭，果皮变白、干缩后脱落或挂在枝上，其它部位少有症状，整个结果期都有发生。
炭疽病引起的烂果：初呈水渍状黄褐色圆斑，常密生小黑点。叶片染病，初为水渍状褪绿斑点，后变为边缘褐色，中央浅灰色的小斑。
绵腐病引起的烂果：果实受害腐烂，温度大时，病部生出大量白雾。
