由于多年的连续种植，椒苗病虫害发生较多。虫害主要有蝼蛄、蚜虫；病害主要有猝倒病、立枯病、菌核病、灰霉病、灰斑病和褐斑病，沤根、冻害、肥害等，现将防治情况介绍如下：
(1)蝼蛄：种类为非洲蝼蛄，其密度有时高达3只／平方米，主要咬食播下的种子和幼苗。若不进行防治，可将整畦种子和幼苗吃光，或将表土钻松，使菜苗因失水而枯死。采用播种后撒施3％的米乐尔颗粒剂加以防治，施用量每平方米2．3--2．5g左右。撒后盖土、浇水、盖膜，第2--4d中每天将畦沟中的膜掀起人工捕捉半死不活的蝼蛄，防效可达95％以上。
(2)蚜虫：一般于2月下旬至3月少量发生，可用10％吡虫啉4000倍液与其它病害同时防治。
(3)猝倒病：主要发生于苗子出土至子叶期，发病的关键原因在于播种时土壤过湿，而出苗时又正遇阴雨低温天气，若防治不及时，会造成整畦死亡。防治方法包括：①土壤消毒：播种前或播种后用40％甲醛1000倍或50％多菌灵1000倍液浇床土，用量为41／平方米液，然后盖膜封闭杀菌。②药剂防治：出苗后发病可用95％绿亨1号3000倍液喷施。③科学管理：播种时掌握近期天气变化情况，晴天可多浇水，阴雨天少浇；若播种时阴雨天，出苗时又是晴天，则可于出芽前1、2d的上午浇一次水，尔后再闭棚，以利出苗整齐。出苗后及时搭小拱棚(特别是用新膜盖床苗更要注意)，齐苗后通风降湿。
(4)立枯病：主要在苗前期零星发生，防治方法同猝倒病。
(5)菌核病：一般于1月至2月初发生较多。发生时期的迟早主要取决于当时的天气状况和苗床管理。如果久雨低温，多日闭棚，使棚内湿度达85％以上，则是该病发生和蔓延的主导因子。此病借气流传播，发展迅速，发病处出现软腐或白色棉絮状菌丝，并通过接触进行再侵染，造成大片死亡。受伤后的植株更易染病。防治方法有：①土壤消毒同猝倒病。②种子消毒：按种子重量0．2％--0．3％加入50％多菌灵可湿性粉剂拌和，使每粒种子表面都均匀粘附药粉，或用52℃温水浸种30min后用冷水冷却。③农业防治：低温阴雨期间也要坚持每天通风2--4h，这是防治本病的关键措施，特别是采用无滴膜时更应注意，当出现中心病株后，在病株上撒上石灰粉，次日再将病株清除棚外深埋。④药剂防治：发病后立即用50％多菌灵可湿性粉剂1000倍+50％扑海因悬浮剂1000倍+0．3％磷酸二氢钾喷雾防治，或用5％扑海因烟剂或45％百菌清烟剂，每棚(30x60m)次用100g熏治，隔10d一次，连续防治2--3次。
(6)灰霉病：此病近几年有加重趋势，一般在1月下至3月上旬发生较多，2月份最严重，低湿阴雨，棚内长期处于90％的湿度下易发病。防治方法：①农业防治：低湿阴雨期每天通风2--4h，防止棚内湿度达90％以上。有条件可采用无滴除雾膜。新膜在第二年用时，一定要翻转来盖，否则，棚面会产生大量水珠，加重发病。②高温闭棚：天阴时，闭棚使棚温达33℃，闷30--60min。③药剂防治：50％扑海因悬浮剂1000倍、50％速克灵可湿性粉剂2000倍，25％霉粉净可湿性粉剂2000倍，20％好来思可湿性粉剂2000倍，70％托霉克可湿性粉剂800倍，几种农药交替使用或2种药混合使用，隔7--10d一次，连续2次。
(7)灰斑病和褐斑病：主要为害叶片，在田间有时混发，一般是四叶后开始发病，严重时叶片变黄脱落，甚至成秃枝。病菌借气流展转传播蔓延，严重影响苗子生长和商品性。防治方法：①农业防治：加强田间管理，苗床浇水时一定要看天看地看苗浇，而不要千篇一律地浇水。根据天气变化情况，选晴天上午浇水，浇水后最好是能连续晴1--2d，否则浇水后棚内湿度增加，再遇阴天即有利于病害发生蔓延；如土壤过干，连续几天都是晴天，则应一次性多浇。如果天天上午浇水，则使叶片长时间有水珠，病害容易发生；浇水后要加大通风，延长通风时间，不能浇闭门水；播种密度不能过大。②农药防治：3--4叶时一定要喷药预防，以后每10d一次。此病据田间观察，长期使用1--2种药会产生抗药性，因此一定要轮换使用，或几种农药混合并轮换使用。有效药有：75％百菌清可湿性粉剂800倍液，20％好来思可湿性粉剂2000倍液，70％霜疽净可湿性粉剂800倍液，40％椒菌唑可湿性粉剂1000倍液，10％世高水分散粉剂2000倍液，70％甲基托布津可湿性粉剂1000倍液，77％氢氧化铜可湿性粉剂800倍液，66％铜大师(CuO)1000倍液，1：1：200波尔多液(注：最好是铜制剂与其他农药交叉进行防治效果更佳)。
(8)沤根：此类可分为2种症状，一种轻微性沤根，发生于久雨低温后开始转晴的第1--2d，一般是中午11、12时前后叶片开始出现萎蔫，以徒长苗和播种过密处、通风处发生严重，健壮苗很少发生。轻微性沤根还有一种症状为没有明显萎蔫，但上部叶片稍微向上卷，2--3d后叶缘因失水过多变白，严重影响幼苗生长。
防治措施是当出现上述症状后马上在叶片上浇些水，最好加入1000倍的多菌灵或托布津，同时减少通风量，增加棚内湿度，2--3d后再按正常管理，浇水次数依苗子恢复情况而定，一次不行再浇一次，使幼苗萎蔫不再加重，并全部恢复为止。
另一类症状为严重性沤根，其症状是地上部不长，顶叶开始变黄，逐渐向下发展，最后全株变黄，严重时枯死。地下部不长新根，幼根表面呈锈褐色，根尖膨大后逐渐腐烂，幼苗易拔起。严重性沤根主要发生于土壤过湿，地势过低的地块一即大棚两侧20--60cm处，一般是成片发生，其他地方有时浇水不当也会小块发生。此类沤根多发生久雨低温的2月中至3月上旬，苗子黄化时间短，当气温回升后很快就会恢复正常，黄化时间长(20--30d)，大多数苗会死亡，不死亡者，定植后长势也差。防治措施：①整畦时棚两侧留20cm浅沟，浇水时靠棚边20--60cm处少浇。②阴雨天靠棚边60cm处盖上小拱膜，使棚顶膜面淌下的水流入棚脚，晴天掀内棚时，两侧畦上的膜先掀开一半，9--10时棚面无水珠下淌时再全部掀开。③采取电热线育苗。
(9)冻害：冻害在我地一般发生不严重，但管理不善，也常有发生。其症状为：①轻微冻害：上部叶片或只是心叶似水汤状，中午时(12--14时)萎蔫，后又恢复，约5--6d左右叶色褪绿变成白花叶，严重者整株成白花叶，轻者有几片有白色花斑；②严重冻害：叶片似水汤状，晴天上午开始萎蔫，后干枯死亡，只留地上部2--5cm茎杆，或第一、二片真叶，其余全部死亡。发生原因(或条件)：①久雨低温，转晴后易发生；②转晴时，北风较大；③通风过大时间过长，使棚内地温过低。
防治措施有：①久雨低温转晴后加强护理，发现有轻度萎蔫时即洒水，防止其失水过快；严重萎蔫时要盖内膜遮阳保湿，使其缓慢恢复。②下午让棚温保持30--35℃，减少通风量，提高地温。③阴转晴的晚上要盖好内棚。④土壤过干时，预计会发生冻害的前一天洒水和保温防灌。
(10)肥害：一般发生于3月份，此时苗色较黄(淡绿色)，气温又较低，需追施氮肥，若管理不善，则会发生肥害一绿叶失绿变白，防治措施：①施足基肥，一般每棚(30X6m)施人粪尿12--16担，复合肥(15--15--15)8--10kg，这样一般不必再追肥。②当需要追肥时，可用0．5％--0．8％尿素或5％--8％人尿(一桶水一勺尿)浇，浇尿后的第一、二天夜晚不能盖内膜；浇尿素后的第二、三天夜晚不能盖内膜，并且白天要加强通风量，这样可防肥害。
在实际操作时要综合运用各种防治方法，，防治上应以农业防治为主，化防为辅，预防为主。首先要培育壮苗，增强其抗逆性，具体措施为：①施足基肥，做好土壤、种子消毒；②科学管理，合理通风，排湿、保湿、浇水；③掌握发病规律，分清主次，科学用药，及时防治病虫害；出苗时防猝倒病，3叶后预防叶斑病，低温阴雨时注意菌核病、灰霉病、沤根、冻害，2月下旬后又要以防叶斑病为主并兼治蚜虫。
