一、综合治理
贯彻“预防为主，综合防治”的植保方针，通过培育壮苗，栽培管理，改善和优化小尖椒生长环境，营造一个不利于病虫害发生的环境条件；优先采用农业防治、物理防治和生物防治，必要时使用化学防治，禁止使用国家明令禁止的高毒高残留农药，推广使用高效低毒低残留农药，并严格按照安全间隔期采收。
二、农业防治
包括加强栽培管理，实行轮作制度，合理布局茬口，选用前作未种植茄果类蔬菜的田块等农艺措施。具体如种子处理，苗床消毒，培育无病虫害壮苗；高温闷棚杀菌；清洁田园，及时清除病株、病枝、病叶、病果等，降低病虫源数量；精细管理，改善菜地环境等。
三、物理防治
定植时采用银灰色地膜覆盖，或插小竹片并吊银灰色膜条以避蚜，或在大棚内悬挂黄色粘虫板，以粘住蚜虫、白粉虱；采用防虫网覆盖，以阻隔害虫侵入棚内危害和产卵；或利用频振式杀虫灯、性引诱剂等诱杀夜蛾科害虫，从而杀灭成虫，降低田间产卵量，减少害虫基数，控制害虫为害蔬菜，尽量少用或不用化学农药。
四、化学防治
合理选用农药，严禁使用高毒高残留化学农药，有限度地使用部分高效低毒的化学农药，并合理轮换，交替使用，能挑治的不普治，安全间隔期过后方可采摘上市。小尖椒秋延后设施栽培主要病害有病毒病、疫病、炭疽病等。病毒病是整个生长期的主要病害，发病初期可用20%病毒A500-700倍液喷雾，隔7天1次，连喷2-3次，或1.5%植病灵乳油1000-1500倍液喷雾，受害严重的植株应拔除并消毁，以免传染。疫病以预防为主，可用25%甲霜灵可湿性粉剂500倍液、64%杀毒矾500倍液或72%杜邦克露600-800倍液，7-10天喷1次，并结合灌根连续防治2-3次。炭疽病可用50%炭疽福美可湿性粉剂800倍液或25%炭特灵600倍液，每隔5-7天喷1次，连喷2-3次。虫害主要有白粉虱、蚜虫、红蜘蛛、蓟马、茶黄蟥和烟青虫等。白粉虱、蚜虫会传播病毒病，应及早防治，药剂可选用10%蚜虱净或10%一遍净2000-3000倍液喷雾。红蜘蛛、茶黄螨、蓟马可选用1.8%爱福丁乳油2000倍或1%杀虫素3000倍液喷雾防治。烟青虫应在幼龄期喷药防治，可用5%抑太保2000倍液、10%灭扫利2000倍液或5%锐劲特2000-3000倍液喷雾，喷药应着重于植株上部的幼嫩部位，每隔5-7天喷药1次，连喷2-3次。
五、农药残留检测
小尖椒采收上市前要用蔬菜农药残留速测卡到田头逐户进行农药残留定性检测，凡农药超标，一律不得上市。整个收获期间，对小尖椒进行不定期的、经常性的农药残留检测。小尖椒开始采收后要严格控制化学农药的使用，并且每次用药后检测合格方可上市。
六、采收标准、包装、运输
1、采收标准适时收获新鲜嫩绿小果，长度为6-8厘米，大小均匀，无畸形、病斑、虫斑，色泽光亮。
2、包装要求包装（箱、筐、袋）大小一致、牢固、清洁、干燥、透气，无污染、无异味、无霉变现象。包装上应注明产地、净含量、生产单位（农户）和采收日期。
3、运输运输工具要清洁无污染，运输时做到轻装轻卸，严防机械损伤，并注意防晒、防雨淋、防高温和通风换气，防止二次污染。
