一般用塑料营养袋育苗，营养袋的规格为高20厘米、宽15厘米。营养土的成分是9份塘泥、1份腐熟禽畜粪。充分混合后装入营养袋，每袋放入2-3粒番木瓜种子。如果要节省种子，可以先让种子置于32-35 ℃条件下保温保湿，进行催芽处理，发芽后每个营养袋放一粒种子。一般播种不宜太深，播种后覆上一层泥土即可。当瓜苗出土后，可以再覆上一层垃圾及腐熟猪牛粪混合的肥土，并保持土壤湿润，喷1000倍托布津或300倍胶体硫，每隔10天喷一次，共喷2-3次，以减少病害的发生。当出现2-3片真叶后，适当减少淋水次数，促根深生，每10天施1次水肥，如腐熟的稀释10倍的尿水。
由于在秋冬进行育苗，所以要做好防寒工作。一般盖塑料薄膜防寒，要求棚内温度不高于35℃，不低于5℃。白天温度过高时，要掀起薄膜，以便接收阳光和散热降温，晚上盖好薄膜防寒。当幼苗长出5片真叶，同时夜温不低于8℃时，要注意炼苗，也就是逐渐打开薄膜，少施肥少淋水，这样，使苗木矮壮、根系发达。当苗高达20厘米左右，就可以出圃。
