百合病虫害发生的种类较多，但对百合收成有影响的主要是百合枯萎病、灰霉病、叶枯病、病毒病、根腐病、蚜虫、地老虎、蝼蛄等，其中危害损失最严重的是百合枯萎病和百合灰霉病。
病虫防治原则：预防为主，综合防治。对百合生产威胁最大的是百合枯萎病和灰霉病。尤其是百合枯萎病，一定要从轮作、选种、消毒等环节入手做好预防工作，以农业防治为主。当百合枯萎病刚刚刀：始表现症状时，立即用对路药剂刀：展防治，防效也只有70-80%，加之其发生为害时正是4-5月多雨水季节，又不利开展药剂防治，所以做好预防工作在无公害栽培技术中显得极为重要。同时，还应该选择高效、低毒、低残留农药，切实按照农药安全间隔期使用。
1、枯萎病
是一种真菌性的土传病害，由尖孢镰刀菌和茄腐皮镰刀菌侵染所致，以尖孢镰刀菌分离频率和致病率最高，为主要病原菌。
枯萎病发生的过程为：最初底部叶片变黄，茎顶端变浅紫色，轻度弯曲；其次病株底部叶片枯黄或枯萎四分之一至一半，茎上部变紫弯曲；再次病株叶片枯萎一半以上，茎上部严重弯曲；最后全株表现症状，整株枯死，鳞茎盘变褐腐烂。
防治方法：在百合枯萎病刚刚开始表现症状时，立即用绿亨一号5克对水10-15公斤或5%菌毒清水剂300倍液，或50%甲霜铜可湿性粉剂400倍液，或60%百菌通可湿性粉剂500倍液，均应每株灌药液200-250毫升，不能太少，也不宜过多。每隔5-7天续灌1次，视病情轻重续灌2-4次。
2、灰霉病
是百合栽培生产中常见的病害，主要危害叶片，也侵染茎、花等，叶片上最初出现圆形或椭圆形的病斑，大小不一，周围呈红褐色，内部呈灰白色，病菌在为害部位(表面)密生灰色霉层，通过风雨、气流传播。一般在4-5月开始发病，遇高温、高湿天气迅速蔓延危害。病菌生长适宜的环境条件：喜潮湿，温度为20-25℃，病菌在被害部越冬。
防治方法：可选用1：1：100的波尔多液，或86．2%铜大师或53．8%可杀得1000倍液喷雾，隔7-10天喷1次，连续喷药2-3次，药剂要交替使用，喷雾要均匀透彻。
3、叶枯病
也是百合栽培的常见病害，病害最初的症状是叶片上出现红棕色的小斑点后，斑点发展连成椭圆形，病斑中央变成黄褐色，严重的扩展至整个叶片，坏死部位在天气潮湿时可形成黄色的晕环，龙牙百合老叶片上的病斑有时出现黄色的斑纹。
防治方法：发病初期喷1：1：100的波尔多液或65%的代森锌600倍液，或50%多菌灵800倍液。
4、病毒病
以叶片出现症状最为常见，一般叶片缩小变斜，叶正面出现大小不规则圆形斑纹，叶片密生；病株明显矮小，花蕾畸形，色泽变淡，被害严重的鳞茎变小。
防治方法：喷药除蚜虫，可亩用10-20克高兴龙大功臣或蚜虱通杀10-20克，或一遍净20克，或扑虱蚜20-30克对水40公斤均匀喷雾。
5、根腐病
最初表现为植株下部叶片死亡，而后向上发展，造成上部叶片乃至茎秆死亡。症状表现为根淡棕色，部分根腐烂，严重时造成整个鳞茎腐烂，当鳞茎腐烂后，引起茎根腐烂。
防治方法：发病初期可用50%代森铵200液或70%百菌清500倍液灌根，每株灌液200升，隔7-10天重复灌2-3次。
6、蚜虫
主要是危害百合的嫩叶、茎秆，特别是叶片展开时，蚜虫寄生在叶片上，吸取汁液，引起百合植株萎缩，生长不良，花蕾畸形；同时还传播病毒，造成植株感病。
防治方法与防治病毒病相同。
7、其他病虫害
主要是地老虎、蝼蛄啃食幼苗(茎)、蚂蚁、蚯蚓、线虫等为害地下鳞茎及鳞茎盘，造成根腐死苗。
防治方法：①种植前、在定植沟(穴)中亩撒施生石灰30-50公斤。②种植前一定要清除杂草，使用农家肥必须充分腐熟。③用茶枯或少量桐枯放到种球根部。④用敌敌畏500-600倍液浇灌根部，防治蝼蛄和地老虎。
