在棚室中施用经过处理的小麦秸秆，不但可增加土壤有机质和微量元素，培肥地力，而且可改变土壤理化性状，增强蔬菜根系呼吸、吸收、合成和运输功能，提高蔬菜产量和品质。
堆沤发酵的方法可以把小麦秸秆就地堆沤，即在地面上铺一层薄膜，把小麦秸秆铺成50厘米高、2米宽、长度不限的一层，然后喷水，要喷湿喷透，以地面略淌水为宜，最后在小麦秸秆上撒一层尿素，为小麦秸秆重量的0.5％即可。按上述方法连铺3层，每隔1～2米插粗棍一个，以利透气。每20天左右查看一次，可以根据实际情况翻堆、加水。堆沤地点一定要选择向阳处，温度达到50℃。也可以在小麦秸秆上喷洒EM菌、CM菌、酵素菌原液200～300倍液堆沤发酵，每一层都要喷匀喷透，基本做法同上，不过温度一定控制好，以35℃～38℃为宜。堆沤后小麦秸秆呈黄褐色，易碎，就可以作为基肥施用。
与氰氨化钙混用效果好每亩棚室撒施铡碎的小麦秸秆1000～2000公斤、氰氨化钙150～200公斤，然后深翻30厘米，浇足水，高温闷棚30天左右，通风晾晒10天后即可定植蔬菜。此方法既能杀死根结线虫，又能使土壤消毒，还能增加土壤中的有机质和氮素养分，可以说是一举三得。
直接沟施益处多在棚室中顺栽培行挖沟，沟深30厘米以上，每沟撒施铡碎的小麦秸秆10公斤以上，如果配合施用充分腐熟的有机肥、菌肥或者甲壳素效果更好，不仅可增加土壤肥力，而且可提高土壤的透气性，还能预防作物的根部病害防死棵。在不施用菌肥的情况下，每沟撒施68％的金雷悬浮剂10克，与土混匀，预防蔬菜苗期疫病死棵效果显著。施用时一要灌足水，二要高温闷棚15天以上（施用菌肥的除外）。
