能够引起死秧的病害主要有3种。最常见的是镰刀菌造成的枯萎病，其次是由另一种真菌造成的蔓枯病，再一种就是根结线虫病。三种病害都能使叶片迅速萎蔫、整株枯死。对这三种病害仔细区分时要看茎部。枯萎病的病茎表面正常或仅在后期基部纵裂，用刀子斜切可见维管束变褐；根结线虫病的症状发生在根部，线虫刺激植物根形成瘤状根结，开始乳白色，后变成浅褐色，小的如同小米粒，大的如同绿豆或更大，剥开根结，在显微镜下可以看到半透明的线虫；以上两种病害都不危害叶片，而蔓枯病能够同时危害叶片和茎蔓。叶片受害后，产生圆形黄褐色病斑，后期可长出许多黑色小点，病斑易破碎。蔓上的病斑椭圆形至梭形，白色，天气潮湿病部溢出胶状物，后期干缩纵裂，成乱麻。蔓枯病往往只有部分叶片萎蔫或枯死。
需要特别提示的是，镰刀枯萎病和根结线虫病都是比较难防治的病害，病原物在土壤里能够存活多年。连续种植瓜类，病菌就会不断增加，病情和危害也就不断加重。所以轮作倒茬和种植抗耐病品种都是首选防治措施。采用黑籽南瓜作砧木的嫁接苗，是目前防治黄瓜枯萎病的主要措施。清除病残体、拔除病株也是十分重要的防病措施。
防治以上三种病害，打药是必不可少的，但一定要诊断准确，针对不同病害，使用不同药剂。防治线虫病可用丙线磷（益舒宝）、氯唑磷、噻唑磷（10%福气多）、阿维菌素、菌线克等药剂处理土壤，也可以在发病初期用这些药剂灌根；防治枯萎病则采用恶霉灵（土菌消）、苯菌灵、多菌灵、甲基托布津等处理土壤或灌根；针对蔓枯病则主要是茎叶喷雾保护，可用药剂包括百菌清、氟硅唑（福星）等。
