在最近几年对油菜产危害性较重的真菌性病害是根肿病。该病是一种以土壤带菌传播的病症。油菜根肿病用药剂防治效果不慎理想，油菜根肿病防治需综合防治。
实行轮作。与非十字花科作物实行5年以上轮作。避免在低洼积水或稻麦田改油菜田或酸性土壤上种油菜。
选用抗病品种。尽量压缩或减少十字花科作物种植，即使非要种植也要选用抗病品种。
选用无病苗床。严格选择排灌方便、至少有8年未种植十字花科作物的园地作苗床，提倡用营养钵育苗。施用甲醛对床土进行消毒。移栽前用石灰水(每桶水加100-150克石灰粉溶解)或50%福美双可湿性粉剂1000倍液进行浸根或用作定根水。当菜地发现病株时，要及时拔出烧毁，补栽壮苗，再用石灰水或50%多菌灵可湿性粉剂500倍液对全田进行灌根，15天左右一次，连续2次。拔除的病苗必须带出田间烧毁或用石灰、甲醛消毒后做成腐熟堆肥。
加强栽培与管理。采用高畦栽培，开沟排湿，勤中耕、勤除草，减少氮肥施用，增施腐熟有机肥和磷钾肥，以提高植株抗病性。油菜收割后，应彻底处理病残体，切勿随意丢弃病株和沤肥，造成病菌循环传播。田间避免大量施用化肥，防止土壤酸化，发病田可施用石灰改变酸碱度，使土壤呈微碱性，以减轻发病。一般每亩施石灰100-150千克。
药剂防治。育苗移栽：油菜真叶展开期可用70%百菌清可湿性粉剂600-800倍液喷淋或泼浇整个苗床。移栽前用75%百菌清可湿性粉剂500倍液喷根，每株400-500毫升，也可淋浇后带药移栽，移栽时可浇2%的石灰水为定根水，15天后再用75%百菌清可湿性粉剂500倍液灌根一次。移栽后30天内，应勤查早除，拔除病株进行烧毁，并及时补上健苗。直播田播种时可用75%百菌清可湿性粉剂1000倍液浇灌，间隔10-15天一次，连续2-3次。
