烤烟苗床施肥宜以基肥为主，追肥为辅。基肥用量应满足第3真叶期以前的需要，否则可视为基肥不足。追肥应视烟苗生长状况酌情施用，追施1~3次均可。第3真叶出现前，烟苗嫩弱，对氨态氮最为敏感，追肥必须谨慎从事，氮素化肥用量以每平方米5~10克为宜，追施肥料的浓度一般宜掌握在1%~1.5%，切忌用量过大。无论于何时喷施，都必须用清水把烟苗冲洗干净，以防产生肥害。
苗床的水分管理，以浇足底墒为原则。从播种到出苗，要保持苗床湿润松软，否则会影响种子发芽。一般在浇足底墒水的情况下，不必再浇水，如确需供水时，可在早晨或傍晚用喷壶洒水。幼苗在十字叶期，如需浇水，应以浇小水为宜。竖叶期，应适当控制水分，以利根系发育。根系活动层的土壤含水量应保持田间最大持水量的60%左右，床土表面呈现不干不湿的状态，如果早上表土不返潮时，即需浇水，以接底墒为宜。成苗期通常以断水靠苗为主，本着不旱不浇的原则进行管理，以提前锻炼烟苗抗逆力。如果晴天中午叶片表现萎蔫，早、晚不能恢复，应适量浇水。雨水较多的地区，应注意及时排水，全育苗过程中，任何时期都不得有积水现象。
