小麦灌浆中后期与小麦赤霉病危害症状相似的病害有小麦全蚀病、纹枯病、根腐病等，其共同点是都可造成穗干枯，但其与其它病害的区别还是很明显的。
一、穗部区别：小麦赤霉病叫红头瘴、烂麦头，一般在灌浆期显症，穗上部干枯或是个别小花小穗干枯，极小数特别严重的整穗干枯，今年多表现为穗上部干枯，自下而上第一个小穗基部出现粉红色胶质霉层或其子粒出现粉红色胶质霉层。小麦全蚀病、纹枯病、根腐病等若出现穗干枯情况，只能是整穗干枯，且病部不出现粉红色胶质霉层。
二、茎叶部区别：在石家庄市，小麦赤霉病株茎叶部与健株无区别。小麦全蚀病则形成黑脚（茎基部的地方变黑，叶片内侧有黑色黑膏药状菌丝体）和茎叶干枯。纹枯病、根腐病也能造成茎叶干枯，但小麦的茎基部不会变黑，有的会变褐，但不呈现黑色。
三、根部区别：在石家庄市小麦赤霉病株根正常。小麦全蚀病和根腐病根腐烂。纹枯病根干枯。
