秋玉米生育时间短，易受干旱、高温、后期低温及病虫害威胁，会出现果穗小、甚至严重秃顶缺粒，因此在管理时应特别注意合理施用肥料和病虫害防治。
施好拔节肥。秋玉米一般播种后1个月即开始拔节，需肥早，可在拔节期和大喇叭口期分两次施用底肥，4~5叶期兑水追施拔节肥，亩施尿素5公斤、钾肥5公斤，促苗生长健壮。
重施穗肥。秋玉米出苗后35天左右，重施穗肥效果最好，每亩可用尿素10~15公斤，或碳铵35~40公斤，或45%复合肥20公斤，在根旁开穴深施。如遇秋旱天气，施肥后应结合浇水或沟灌抗旱，促进肥料迅速分解吸收。在抽穗（雄）始期，结合去掉全田总雄花的1/3，尽量让果穗有充足的营养供应。
适施粒肥。花粒肥的作用是养根保叶，防止玉米出现早衰，以延长后期绿叶的功能期，提高粒重。粒肥应轻施、巧施，施肥量约占总施肥量10%左右。穗肥不足，发生脱肥的，以及早穗节以上叶色黄绿、下部叶早枯，粒肥可适当多施；反之则可少施或不施。施粒肥宜在抽雄穗后，开花吐丝期，视玉米生长情况，每亩施尿素5~7.5公斤。
防治病虫害。秋玉米获高产，除了合理施肥外，防治病虫害也是重要一环，苗期防治玉米螟、粘虫、夜蛾类害虫。玉米螟防治时期是：第三代约在8月中旬末至9月初，可每亩用三唑磷50毫升加2.5%敌杀死20毫升，兑水40公斤喷雾。第四代约在9月中下旬每亩用辛硫磷颗粒剂加杀虫双颗粒剂各0.75公斤，拌细土15公斤点于玉米喇叭口内；或用BT乳剂100毫升加敌杀死20毫升兑水40公斤喷雾，也可用三唑磷50毫升加敌杀死20毫升兑水40公斤喷雾。如发生粘虫及夜蛾类害虫，视虫害发生情况，用上述药剂喷雾。玉米抽雄期发生蚜虫每亩用大功臣10克加敌杀死20毫升，或抗蚜威10克加敌杀死20毫升兑水30公斤，喷植株上部，10天后再防治1次。在后期雨日多，发生玉米纹枯病，当田间发病株率达15%时，每亩用井岗霉素粉剂2包兑水45~60公斤，喷植株中下部叶片，1周后再施药防治一次。
