棚室杏树的修剪主要是短截主枝和侧枝的延长枝，促生分枝，增中枝量并保持主侧枝的继续延伸。杏树扣棚以后，当新梢萌发生长达到15～20厘米时，及时摘心，防止生长过旺而影响光照。
幼龄杏树的长果枝很少坐果，应剪截1/3左右，使其转化成结果枝组。修剪宜轻不宜重，应尽量少疏枝条以利于早期丰产，可多用拉枝、摘心等夏剪手段整形，减少修剪量，有利于结果和结果枝组的培养。
杏树发枝力弱，修剪仅刺激剪口下2～3个芽，修剪量以剪去一年生枝的1/2～1/4为宜。掌握“粗枝少剪，细枝多剪，长枝多剪，短枝少剪”的原则。枝条基部粗度在1厘米左右时，可剪去1/2～1/3，粗度在1.2～1.5厘米时剪去1/3～1/4，基部粗度大于1.6厘米时不剪，予以缓放。对有二次枝的延长枝，可视二次枝着生的部位高低，或在其前部剪截，或在其后部剪截。对非骨干枝，除及时疏去直立性竞争枝外，其余均予以较轻的短截，促其形成果枝或结果枝组。一些直立性强、树势过旺的幼树常在主枝背上发生较多的直立性枝条，长者可达1米以上，其上还可形成花芽，但一般不会结果。对此类枝除与主侧枝相竞争者必须疏除之外，其余进行轻短截。
一般来说，棚室杏树主要有杯状形和纺锤形等树形。下面将这两种树形的整形修剪方法介绍如下：①杯状形。苗木栽后，于50～60厘米处定干。苗木成活后，及时抹除砧芽和多余萌芽。当接芽长到10厘米时，进行摘心，促发副梢。从中选出3个方位角好的副梢作1级主枝，待1级主枝长到15～20厘米时，进行2次摘心。再从1级主枝前端二次梢中，选2个对称生长的副梢作二级主枝，待二级主枝长到20厘米时，进行第三次摘心。再从二级主枝前端的副梢中，选2个对称的作三级主枝。最后，形成12个三级主枝的杯状形。②纺锤形。定干后，距苗4～5厘米处，立杆绑缚防歪斜。剪口第一梢强壮，作中央领导干。主干距地面10厘米内，抹除全部萌芽。10厘米以上的新梢，选5～6个作主枝。当中央领导干梢长到50～60厘米时摘心。摘心后，从新发副梢中选3～4个主枝。翌年同样在中央干上选留8～10个主叶，两年共选18～20个主枝，中央干高2米时，落头开心。定植当年，除中央干外，主枝不修剪，但长到20～30厘米时，应使开张角度达70～80度。翌年，采收后，进行第二次修剪，中央干枝剪留50～60厘米，主枝剪留10～15厘米。这样，一个主枝上可萌发2个侧枝。第三年后，主要修剪主枝，去弱留强，强结果枝剪留10～15厘米，同样可发2个新梢。结果后，同样去弱留强，每年更新枝组，除去后部秃棵，有利于保持中央干的优势。对于主枝结果下垂者，应吊枝、改善风、光条件。
