甜瓜细菌性果斑病的病原细菌在种子、土表越冬，可通过风雨、昆虫、农事操作传播，从伤口和气孔侵染。带菌种子萌发后，病菌从子叶侵入，引起幼苗发病。同时，病原细菌还会侵染西葫芦、南瓜、西瓜、黄瓜等作物。棚内高温、高湿易发病。值得注意的是，该病的病原细菌侵染果实时，在甜瓜坐果后1-3周的幼果期通过果皮上的皮孔侵入。一旦幼瓜开始转色、果皮表面形成蜡粉，则大多数皮孔封闭，能有效阻止细菌继续侵入。所以，果实表现发病症状时已转色、近成熟，而病原菌却早已在幼瓜期侵入。因此，如果要等到甜瓜表现发病症状时再施药防治，就太晚了。
针对此，建议菜农采取如下措施提前预防：
首先，做好种子消毒。可用50℃温水浸种3小时，捞出晾干后催芽，或10%磷酸三钠浸种20分钟后清水冲洗。注意掌握药剂浓度和浸种时间，避免影响种子发芽率。另外，小育苗厂可能操作不规范，幼苗也可能带毒，建议菜农从正规育苗厂育苗。
其次，做好土壤消毒。建议轮作。定植前将棚内杂草清除，深翻地。定植时先对棚内进行消毒，移栽时用DT600倍液进行浇穴或灌根。
建议起垄栽培、合理浇水，防止大水漫灌，注意通风排湿，缩短植株表面结露时间，在露水干后进行农事操作，及时防治棚室害虫。及时将病株带出棚外。子叶上病害多，应及时处理。可在甜瓜两叶一心时，选择晴好天气下用消毒后的剪刀将子叶剪去。注意不能用手撕摘，并将子叶带出棚外。
再次，建议用塑料袋套袋处理。待甜瓜长到鹅蛋大时套装下端开口的塑料袋，4-6天后及时摘除。此时甜瓜表皮逐渐老化并形成蜡层，足可抵御病菌侵袭。
最后，药剂防治。甜瓜开花时，每10-15天喷洒一次百菌清或阿米西达混加中生菌素或宁南霉素，预防各种病害，尤其细菌性病害发生。或喷用2000倍的链霉素预防，或选用47%加瑞农可湿性粉剂1000倍液，或50%可杀得可湿性粉剂1000倍液，或27.12%铜高尚1000倍液，或30%王铜1000倍液喷洒，或50%琥胶肥酸铜（DT）杀菌剂1000倍液，隔10天一次。注意，甜瓜幼瓜对铜制剂相对敏感，所以一定要将铜制剂浓度稀释一半使用，一方面仍保证防治效果，另一方面也不影响幼瓜生长。
