花椒树修剪时一定要按不同的生长阶段采取相应的修剪方法。
幼龄树掌握整形和结果并重的原则，栽后第一年按要求高度剪截，第二年在发芽前除去树干基部30-50厘米处的枝条，并均匀保留5-7个主枝进行短截，其余枝条不短截，疏除拥挤枝、细弱枝、当年枝、病虫枝、长放强壮枝。
结果树应逐步疏除多余大枝，完成整形工作，对冠内枝条进行细致修剪，以疏为主，疏除病虫枝、交叉占用空间，并结合短截营养枝，对生长中庸的营养枝先行缓放，结果后缩成枝组，对有空间生长的旺枝先轻短截，第二年去强留弱，培养成枝组。
老龄树以疏剪为主，抽大枝，去弱枝，留大芽，及时更新复壮结果枝组，去老养小，疏弱留壮，选壮枝壮芽带头，以恢复树势。对已衰老需要更新的老树，一方面注意利用徒长枝，同时对骨架进行交替更新。
