微量元素对芝麻的增产也发挥着很大的作用，芝麻生长发育过程中需要的主要微量元素有硼、锌、锰、等元素，根据芝麻不同的生育时期对微量元素的需求状况，采用合适的微肥及施用方法，对获取高产非常有利。
硼肥通常用的是硼砂，基施、追施、种施均可。作基肥一般每亩施0.5-0.7公斤，拌种一般用量为种子量的0.4%-0.6%，浸种液肥浓度为5%，浸种时间为20-24小时，根外追肥宜在初花期到盛花前喷2-3次，浓度为0.1%-0.2%。
锌肥常用硫酸锌，每亩底施1-2公斤，拌种每公斤种子用量4-6克。如果叶面喷施，浓度为0.1%-0.5%，在蕾期喷施效果较好，即出苗后25-30天喷施。
锰肥常用硫酸锰，锰肥要早施，如果中后期施锰肥，很难纠正缺锰状况，一般每亩底施0.5-0.75公斤，拌种每公斤种子用硫酸锰6-7克。叶面喷施液肥在现蕾前7-10天效果较好。
