果园土壤贫瘠，有机肥施用不足 数据显示，陕西渭北旱源苹果优生区，80%以上的苹果园常年不施用有机肥，如让有机质含量不到1%（陕西洛川为0.9%），果品质量有逐年下降的趋势。日本为2.5%～5%，为渭北旱源苹果优生区果园土壤有机质含量的3～5倍，所产红富士苹果个头大、果形正、颜色红、果肉黄、耐贮藏，售价高。
施用未经堆沤腐熟的有机肥 有机肥的养分以有机状态存在，要经过堆沤腐熟分解才能被吸收利用。使用未堆沤的有机肥，如人粪尿、鸡粪、羊粪、猪粪等，不仅不能及时提供养分，还能因腐熟分解过程中产生有害物质并发热使果树受到伤害，以后经腐熟分解后的肥效发挥与果树的需肥时间又很难一致，常常造成肥效流失和浪费。同时，来年地下害虫也大量增加。
化肥施用过多，偏重施用氮肥 长期单独施用化肥，容易造成土壤板结，通气不良，土质变坏。过多施用氮肥，影响果树对钙和钾的吸收，容易使树体营养失调，芽体不饱满，叶片大而薄，枝条不能及时停长，花芽形成困难，果实着色差，风味淡，不耐贮藏，痘斑病、水心病容易发生。同时树体抗性降低，易染腐烂病、白粉病和早期落叶病等。
施肥时期的盲目性和随意性 苹果需肥时期与苹果的生长节奏密切相关。而一些果农施肥不是以苹果树的需要为前提，而是以资金、劳力、时间等主观因素确定施肥的次数和时间，因而到不到施肥的预期目的，有时还会适得其反，造成损害。
