三色堇，因其耐候性好，花期长，花色鲜丽，是目前盆钵、花坛栽植较为流行的草花之一。但在其栽培过程中，常常因为病虫害的发生，影响品质，降低其观赏性。
1．叶斑病：
主要症状：真菌性病害主要发生在叶片，引起褐色至浅白色斑点，呈0.2至0.5厘米圆形斑点，并有褐色的边缘。传播途径和发病条件：病菌以分生孢子器或菌丝体在病株或随病残体遗落土中越冬，翌春产生分生孢子进行初侵染和再侵染，借雨水溅射传播。高温多湿的天气是发病的重要条件，播种苗床地势低洼植株间郁闭，通透性差等条件都会加重病害的发生。
防治方法：
（1）避免在低洼地种植，注意改善株间通透性。如果穴盘育苗，播种介质、栽培介质必须严格消毒，同时栽培场所应保持干净。
（2）若栽培环境温度较高，湿度较大，需密切观察植株，在发病初期立刻隔离病株并尽快销毁，及时喷洒50％甲基硫菌灵。硫磺悬浮剂800倍液或40％百菌清悬浮液600倍液，在发病前预防更有效。
2．漆斑病：
主要症状：亦属真菌性病害，主要病状为叶片上出现圆形至不规则形褐色病斑，外围具有大片的黄色变色区，周生大小不等形状各异的黑色小点。传播途径和发病条件：病菌系弱寄生菌，以菌丝越冬，条件适宜时产生分生孢子，常从伤口侵入。湿度大或连续阴雨天气有利于该病发生和流行。
防治方法：
（1）栽培时注意水分管理，避免过度向植株浇水，增加株间通风透光，以降低周边局部空间湿度。
（2）密切观察，发现病株及时挖除，防止传染。
（3）播种前苗床土壤、上盆前摆放地和盆土要进行消毒。可用甲醛与水按3∶1混匀后喷洒土壤，用薄膜覆盖3天后揭膜即可使用。
3．花叶病：
主要症状：
它主要是由黄瓜花叶病毒（CMV）引起，先是少数叶片发病，后向全株蔓延。植株发病初期，叶片的侧脉间出现绿色斑块，后逐渐扩大，部分融合呈黄绿色，但叶脉附近仍保持原有的绿色，出现黄绿相间的花叶。新叶初生时正常，生长几天后即表现生长缓慢，紧缩不长并出现花斑。发病重时缩小的叶片向上卷缩，叶背面的叶脉生出小瘤状凸起，细脉褐变。整个植株生长缓慢。传播途径和发病条件：以病毒粒体在病株中越冬，翌年通过蚜虫、叶蝉等刺吸式昆虫传播，引起植株发病。蚜虫或叶蝉等害虫发生量大的月份或年份，也是此病发生的高峰期。
防治方法：
（1）栽培场所保持干净，清扫附近黄瓜花叶病毒的寄主（寄主范围39科117种植物，常见的为瓜类植物），以减少传染。
（2）选择抗病性优良的品系，精选健康种子。栽培过程中发现少数病株，要及时挖除，以防蔓延。
（3）在病毒发生前尽早预防。可以用病毒A20％粉剂500倍液或克毒灵7.5％水剂700倍液，全株喷施，控制病毒的发生。
（4）为有效控制该病发生，及时防治蚜虫、叶蝉等刺吸式害虫，常用的杀虫剂有40％乐果乳油或40％氧化乐果乳油1000至1200倍液，2.5％溴氰菊酯乳油2000倍液。
