人所共知牡丹雍容华贵、美艳无比，但在其生长期中却常有各种病害发生，已鉴定出的有20余种，其中真菌病害15种、病毒病害3种、线虫病害1种以及缺素病等。
牡丹的叶部病害大多数是真菌性病害，红斑病和灰霉病是这些病害中最为严重的，它们引起叶局部坏死或整叶枯死，病原真菌分别为牡丹枝孢霉和灰葡萄孢、牡丹葡萄孢。其他尚有轮纹病、灰斑病、斑点病、轮斑病、炭疽病、锈病、白粉病等。它们往往使牡丹提前落叶，影响生机。有些病害虽在牡丹花期之后盛发。但影响牡丹花芽孕育、长势，不可忽视。防治此类病害要注意栽培管理，冬季清园，秋季彻底清扫落叶，浇水要避免在叶上滞留水分，施肥应N、P、K合理配比，覆土不能触及叶基，及时除去病叶，枯叶，定期喷施苯骈咪唑类农药(如多菌灵)、有机硫制剂（如代森锌）或百菌清等，可控制或减轻叶部病菌的危害。
牡丹的枝干病害上述灰霉病菌、红斑病菌以及炭疽病菌也可危及枝条，造成斑点、溃疡等症状。茎腐烂又称菌核病，使茎基或中部出现入渍状褐色腐烂后呈灰白色，病茎内外有黑色大型鼠粪状菌核。更换病土重新栽植以及剪除病部、喷施氯硝胺、苯骈咪唑类农药或撒施硫磺粉等，可以减轻危害。由于此菌寄主范围十分广泛，轮栽不易达到控制目的。
牡丹的根部病害有白绢病、白纹羽病、紫纹羽病、根朽病、镰刀菌根腐以及根结线虫病等，它们引起根茎部腐烂、地上部枯萎，以及大小不等的根结。牡丹生长不良，根和根颈受损伤时易感染；土壤粘重，排水不良容易感病。可在种植前剔除有根结的病株，剪除部分腐烂的肉质根，以及改良土壤质地等控制措施来减少发病。
牡丹上的病毒病害已知有三种，一为斑驳病毒病，在叶部形成深绿、浅绿相间的同心轮环纹斑，病原为环斑病毒(PRV)。病毒粒子球形，蚜虫传播。二为牡丹病毒病，日本称轮纹病，开始为谈绿色褪绿斑，后呈环斑或轮纹斑，有时呈不规则形，植株矮化。病原为烟草脆裂病毒(TRV)。病毒粒子球状。汁液、线虫、菟丝子、牡丹种子都能传毒。三为牡丹曲叶病，可使植株明显矮化，仅正常时l/2，下部枝弯曲、叶卷曲，枝条细弱，嫁接传毒，病原为牡丹曲叶病毒(PLCV)。田间卫生、防虫、工具消毒是目前可行的防治措施。
其他有类菌原体(MLO)引起的绿瓣病，缺镁引起的缺素病，缺钾及早春低温引起的芽枯病等。
