饲料被霉菌毒素污染后，应设法将毒素破坏或去除。常用方法如下：
剔除霉粒 毒素主要集中在霉坏、破损、变色及虫蛀的粮粒中，如将这些粮粒挑选出去，可使毒素含量大为降低。用机械或人工方法先对饲料进行挑选，剔除霉变饲料，然后将霉变的饲料进一步干燥，以达到去毒防霉变的目的。
热处理法 对于饼粕类原料，在150℃温度下焙烤30分钟，或用微波加热8～9分钟，可将48%～61%的黄曲霉毒素B1和32%～40%的黄曲霉毒素C1破坏。
水洗法 用清水反复浸泡漂洗，可除去水溶性毒素。对玉米、大豆等颗粒状原料，可在粉碎后用清水漂洗，或用2%的石灰水进行反复漂洗，除去霉菌毒素。
吸附法 白陶土、活性炭等吸附剂能吸附霉菌毒素，减少胃肠道对其吸收。
