配合饲料在贮藏期间因水分、温度、湿度、虫害、鼠害、微生物等因素而受损，因此要采取相应的措施以避免其危害。
控制水分和湿度 配合饲料的水分含量一般要求在12%以下，如果将水分含量控制在10%以下，则任何微生物都不能生长；配合饲料的水分含量大于12%，或空气湿度大，配合饲料会返潮，在常温下易发霉。因此，配合饲料在贮藏期间必须保持干燥，包装要用双层袋，内用不透气的塑料袋，外用编织袋包装。贮藏仓库应干燥、通风。仓内堆放，一般在地面上铺一层经过清洁消毒的稻壳、麦麸或秸秆，再在上面铺上草席或竹席，然后方可堆放配合饲料。
防止虫害和鼠害 在适宜温度下，害虫大量繁殖，消耗饲料和氧气，产生二氧化碳和水，同时放出热量，在害虫集中区域温度可达45℃，所产生之水气凝集于配合饲料表层，而使其结块、生霉，导致严重变质，如果温度过高，也可能导致自燃。鼠类啮吃饲料，破坏仓房，传染病菌，污染饲料，是危害较大的动物。为避免虫害和鼠害，在贮藏饲料前，应彻底清扫仓库内壁、夹缝及死角，堵塞墙角漏洞，并进行密封熏蒸处理。
限制温度 温度对贮藏饲料的影响较大，温度低于10℃时，霉菌生长缓慢，高于30℃则生长迅速，使饲料质量迅速变坏；饲料中的不饱和脂肪酸在温度高、湿度大的情况下，也容易氧化变质。因此配合饲料应贮于低温通风处。库房应具有防热性能，防止日光辐射热之透入，仓顶要加刷隔热层；墙壁涂成白色，以减少吸热；仓库周围可种树遮阳，缩短日晒时间。
