幼虫（蛆）老熟后要及时将蛆料分离。分离出来的鲜蛆既可以饲喂畜禽，也可经冷冻或烘干，贮存备用。
蝇蛆生产过程中，为获得成蛆，必须进行蛆料分离。现介绍目前常用方法：土法分离、分离箱分离、蝇料自分离技术。这都是根据蝇蛆的习性而设计的。
一、土法分离
利用成蛆避光且集成堆、成团的习性，将饲有成蛆的育蛆盆（框）全部搬到事先选好的平坦且有阳光充分照射的场地上。先将蛆盆上层的料用平铲铲去，稍待一会，再铲1次。如此2～3次后将底层的蛆连同废料一起倒在地面上，并堆成厚层。操作人员可不时地将上层的料渣用平板木条慢慢刮到场地一侧，如此反复进行几次后，随着料渣的减少，成蛆则逐渐暴露在阳光下聚集成堆，这时即可用大平铲快速将蛆收集。
二、分离箱分离
分离箱无论大小均由间箱、筛网和照明部分组成。照明灯设于上面，其下为筛网，上筛网8目，下筛网16目，下为暗箱。分离时将框连蛆带料倒在上筛网上摊开，蝇蛆怕光而往下钻，钻到下筛网上，也有少许料漏下，被下筛网接住，蝇蛆继续由下筛网钻到暗箱收集。晴天在室外阳光下进行，阴雨天可在室内开灯分离。
以上办法适用于小规模生产，都是利用蝇蛆避光的特性来进行的。缺点是费工、费时、耗费能源。尤其是用畜禽粪便进行规模化养殖，蛆料分离就显得困难。粪便常结成团块，蛆钻在团块中不出来，需将团块弄碎，基本晒干，蛆料才能分离。规模化生产中急需寻找新的、更有效的分离方法。
三、蛆料自分离技术
1.自分离的装置 自分离所需的装置、材料很简单，只需有育蛆盆、育蛆架、集蛆漏斗、集蛆盆、黑薄膜、喷雾器、清水，就可以进行。对于已经养殖蝇蛆的人来说，育蛆盆、育蛆架往往已是现成的了。
2.自分离的方法和步骤 当蛆已老熟、蛆体微黄时，就可以着手进行蛆料的分离了。（1）先将育蛆盆中待分离的蛆连同培养料（畜禽粪便）翻盆，即用粪叉将育蛆盆内的培养料上下翻动，把上面的料翻到下面去，把下面的料翻到上面来。（2）料翻好后用喷雾器喷水，培养料的表面要很潮湿。喷水加湿，让培养料中的蛆感到不舒服。（3）将已加湿的育蛆盆逐层放入分离架上。分离架的高度便于操作即可，一般可有6～8层。注意育蛆盆要上下摆放整齐。这样分离的时候就不会出现上层育蛆盆里的蛆爬出来掉入下一层的育蛆盆里的情况，影响分离的效果。育蛆盆以浅口为好，一般高8～10厘米。我们用的育蛆盆规格为55厘米×35厘米×8厘米。（4）育蛆盆摆放好后，将分离架外框的黑色塑料薄膜外罩拉起来关闭严密。现有的光分离法在蛆料分离地是提供强光，我们却提供黑暗。（5）分离室的温度保持在30℃左右。蛆料自分离工作一般在下午4点钟以后进行。在这样的环境条件下，蝇蛆就会自动从畜禽粪便培养料中爬出来，纷纷落入分离架下端的集蛆漏斗，再落入位于集蛆漏斗下面的集蛆盆内。集蛆盆内的蛆可定期收集起来并及时处理备用。一般经24～36小时，蛆料自分离就可以完成，蛆料的分离率可达90%以上。蛆生长得整齐一致，也是蛆料分离率高的一个重要因素。
