玉米秸秆青贮就是利用青绿饲料中存在的乳酸菌，在厌氧条件下对饲料进行发酵，使饲料中的部分糖源转变为乳酸，使青贮料的酸碱度（pH值）降到4.2以下，以抑制其它好氧微生物如霉菌、腐败菌等的繁殖生长，从而达到长期贮存青饲料的目的。
青贮发酵的机理是一个复杂的微生物活动和生物化学的变化过程。其持续的时间约3周左右，大体可分为5个价段：第一价段是创造厌氧环境阶段。从青贮原料放入窖中开始，这时植物细胞在继续呼吸，有人将此期称为植物呼吸期，优质青贮料的植物呼吸期约3天，其结果是产生二氧化碳和热量，使青贮料逐渐变为厌氧环境，再加上产热，都给乳酸菌繁殖提供了条件。如果未压实排尽青贮料间隙中的空气，不仅延长植物呼吸期，且会引起养分损失。
第二阶段主要是产生乙酸阶段。酸的浓度增加又给乳酸菌开始繁殖创造了条件。
第三阶段是乳酸开始产生价段。也是乙酸菌在较高的酸中不能生活而受到限制的阶段。以上三个价段约需5天，三者互相穿插，无一定界限。
第四价段则是乳酸菌增殖和乳酸形成的价段。在正常情况下，窖内温度由330C降到250C，pH值由6降到3.4-4.0。这个价段持续15-20天。由于产生的乳酸已达到最高水平，乳酸菌本身也受到抑制。
第五阶段在1个月后转入稳定期，其情况取决于前四个价段，首先如产生的乳酸、乙酸量足，就可以预防其它杂菌的作用。否则，如乳酸量少，有害杂菌就会增殖；丁酸菌会产生丁酸，进而作用于青贮原料引起分解，使蛋白质、氨基酸分解为氨与胺，青贮料发出臭味，影响适口性。其次，如青贮窖镇压得紧，空气排出干净，封顶严密不漏气（最初几天下沉最多，封顶下沉后要及时培土封严），青贮料就可长期保存10年以上。否则，空气一经进入，就会氧化产热，造成损失；同时在有空气情况下，霉菌繁殖，就能利用第四阶段所产生的乳酸，使酸度下降后，随之杂菌增殖，使青贮料霉变发臭而遭受损失。为保证青贮质量，如为青玉米等青饲料原料青贮，至少要30天以上，普通饲料青贮40天以上，豆科植物则应青贮90天以上才可以取用。
