青贮饲料中的微生物，除土壤污染和添加水分外，还有附着在植物原料上的几大类如乳酸菌、肠道杆菌、丁酸菌、酵母菌、霉菌及其他微生物。
但仅有乳酸菌是有益的，乳酸菌是制作优良青贮饲料的主要微生物，能分解青贮饲料中的碳水化合物并形成乳酸引起乳酸发酵，因乳酸菌的活动青贮饲料得以保存。肠道杆菌在青贮饲料中是兼性厌养菌，以大肠杆菌和产气杆菌为主，进行异型乳酸发酵，虽然也产生一些乳酸，但是同时产生大量的氢气和二氧化碳，使相当一部分有营养价值的碳水化合物变成无价值。
青贮的原理就是青贮饲料经过压实密封，内部缺乏氧气。乳酸菌发酵分解糖类后，产生的二氧化碳进一步排除空气，分泌的乳酸使得饲料呈弱酸性，pH值在3.5-4.2之间能有效地抑制其他微生物生长。最后，乳酸菌也被自身产生的乳酸抑制，发酵过程停止，饲料进入稳定储藏。但此时原料中的糖分等营养成分损失不大。
