草菇是高温型品种，其菌种不耐低温，如较长时间保藏在10℃以下的环境菌丝会失去活力，甚至死亡；所以，它不能象其它品种食用菌种一样利用冰箱在0～4℃条件下保藏。
草菇菌种的保藏方法与要点
传代培养保藏法、液体石蜡覆盖保藏法、栽培保藏法、冷冻干燥液态氮超低温保藏法、悬液保藏法、自然基质简易保藏法等。
生产上最常用的保藏方法是传代培养保藏法。根据培养基成份的不同，传代培养保藏有两种方式：
1、试管斜面接种培养保藏：
将需要保藏的草菇菌种接到PDA试管斜面中，在30℃下培养，菌丝长满培养基后，在20℃左右温度下存放，最低温度不要低于15℃。为减少保藏过程中基内水分的散失，通常将菌种放在塑料袋中，亦可用橡胶塞封紧管口。并每隔2～3个月转管1次。
2、稻草斜面接种培养保藏：
稻草粉95％，石膏2％，麸皮或米糠3％，用石灰调节pH值8～9，含水量55％～60％。将配好的培养基装入直径25㎜、长250㎜的试管中，装料量为试管长度的2／3，用棉塞封管口。灭菌后，接上草菇菌种，33℃下培养，待菌丝长满试管时，用橡胶塞代替棉塞封紧管口。置15℃～20℃下保藏，每隔3～6个月转管1次。
